别所长治(1558年9月30日—1580年2月2日)，日本战国时期播磨的大名。
别所长治为别所安治之子，也是波多野秀治的女婿。织田信长在攻打毛利辉元时以别所长治为前锋，但是由于与丰臣秀吉的不合，以及荒木村重的煽动之下，别所长治便与波多野秀治一起反抗织田信长。
别所长治以死守三木城的方式与丰臣秀吉应战，在毛利辉元与荒木村重的支持与支援下，一度击退织田信长的军队；但是在丰臣秀吉彻底切断三木城的粮食与水源供应，以及神吉城与志方城的失守之下，毛利辉元的援军也跟著撤退；而别所长治也在三木城被包围两年后自杀逝世。