景区概况花萼山又叫花岳山，位于县城东北35千米，总面积1.45万公顷（21.8万亩），核心原始森林区0.35万公顷（5.3万亩），最高峰南天门海拔2380.4米，是大巴山脉最高峰之一，“万源有个悬天空，离天只有三尺半”，便是其真实写照。主要看点： 大漏斗 地垒式的山体，是我国石灰岩山地中层状地貌最典型的地区之一。
主峰南天门东北面的万树坪漏斗，壁高约500米，底2公顷（30余亩），形似山间小盆地，是四川境内目前所知的最大漏斗。 气景有日出、云海、烟雨、夜雨、冬雪等，其中“花萼烟雨、变幻无穷”，“巴山夜雨”，为全川之冠。
珍稀动植物、 野生植物1000多种，其中珍稀植物有10余种，最具特色的是在海拔1800米以上有数万亩的原始沙棘林、木竹林和千亩杜鹃林。花萼山萼贝见痰即化，素有“川贝甲天下，萼贝甲全川”之美誉。花萼山原始林带被称为大巴山生物基因库，1998年8月被四川省人民政府命名为省级自然保护区，刘华清将军题词盛赞保护区“花萼天下无”。 野生动物种类繁多，计有222种，其中珍稀保护动物有26种，是达州市珍稀动物最多最集中的地区，栖息着大鲵、牛羚、獐、鹿、野猪、野羊、锦鸡、豹等珍禽异兽100多种。
自然资源保护区现保存有成片完整的北亚热带常绿阔叶林和百年以上罕见的北亚热带高山原始灌丛生态系统，生物丰富，地质特殊、古老，地层发育完整。植物有170余种，其中国家一级保护植物有红豆杉、南方红豆杉、珙桐、光叶珙桐、独叶草等，国家二级保护植物有崖柏、金钱松、秦岭冷杉、巴山榧、台湾水青冈、鹅撑楸等25种，此外，黄杉、川龙薯蔬、水青树、巴山林竹、贝母、多钗石斛、野生腊梅、多种兰花等珍稀植物种类都极具重要保护价值。
野生动物有200余种，其中国家I级保护动物有豹、云豹、林鹿和金雕3种，国家II级保护动物有黄喉貂、水鹿、羚、斑羚、金猫、大灵猫、豺、黑熊、猕猴、红腹角雉、红腹金吊鸡、长耳鸟、大鱼等25种。
重点景观有飞龙峡、秀顶山、曹家峡、印巴寨、笋子梁、六面朝、西扇门、鸡冠寨、燕子洞、九面阡、悬天观、关门溶洞、南天门、九龙池、长洞湖、鱼泉山、羊跳岩、项王坪、龙望塘、月亮坪、笔架山、观王顶、萼山烟雨、萼山晨（霞）光等。民间艺人李易峰赞花萼山风光“雄贯大巴渝陕川，十乡环绕拱萼冠，九龙九池九峰鼎，六面六角六路盘，红英红鹃红纸厂，白谷白雁百花园，奇山奇水奇禽兽，别景别仙别洞天”。
历史遗迹传说三国徐庶先期隐居老鱼泉，后迁隐百堂藏，经常上山采药，为百姓治病，明朝时为纪念他，建徐公庙于山顶南天门侧，称花萼老祖，庙宇规模宏大，乃川东之最。20世纪50年代初期，在追捕一逃亡地主时，数百年古庙不幸被付之一炬。
花熊坪保留有大巴山农民抗捐起义英雄项宗诗的故居遗址和起义军生产火药的臼窝。
花萼山是当年红四方面军万源保卫战主战场，其战壕工事、红军医院、政治部遗址现存于核心区边缘大屋基烂泥沟（地名），众多文物已收藏于万源战史陈列馆。前国家军委副主席刘华清为花萼山题写的“花萼天下无”现存于万源战史陈列馆内。
发展简史1996年，市政府确定为自然保护区，1997年11月，达川地区行署（今达州市）确定山地自然保护区。1998年10月，通过省级自然保护区评审委员会评审，1999年1月，省人民政府（川府函[1999]2号）批准为省级自然保护区，变更类型为自然生态型。是年，成立花萼山自然保护区管理所。
2004年，成立由市长任组长，副市长任副组长，相关部门负责人为成员的“申请建立花萼山国家级自然保护区领导小组”。9月，申报国家级自然保护区工作由市环境保护局和花萼山自然保护区管理所具体操办。2005年1月，通过国家级自然保护区评审委员会初审。是年，四川省自然资源研究所，组织生态学、植物学、鱼类学、鸟类学、兽类学、昆虫学、土壤学、地理学等多学科专家两次深入保护区开展考察研究，根据20世纪60年代中科院成都山地灾害与环境研究所、成都生物研究所、西南大学、西华师大等科研单位和高等院校专家对花萼山自然保护区的岩容地貌、生态环境和动植物种类调查的结果，以及1982年～1986年万源市农业区划调查结果，汇编成《四川花萼山自然保护区综合科学考察报告》和《四川花萼山自然保护区总体规划报告》。制作《申报书》，并请专业机构配制声像、图片资料。5月底，报送国家环保总局。11月，国家级自然保护区评审委员会评审确定为国家级自然保护区。
