孜珠寺位于西肝县觉恩乡境内的孜珠山上，离县城约37公里。据说孜珠地历史最早可追溯到二、三千年以前。
孜珠寺是苯教著名高僧罗邓宁波·仁增康珠于十四世纪中期再度兴建和恢复的。"孜珠"意为六座山峰。这里异峰突起，挺拔险峻，怪石嶙峋，禅洞叠叠。由于历史的原因，苯教这个曾经一度掌握过西藏政教大权的原始宗教，后来不得不让位于佛教，而到边远偏僻的地方隐藏起来，以保存存自己的势力。这使琼波丁青的三十九族地区成为苯教寺庙和教徒最多、影响最大的地区。而孜珠寺是康区一带现存规模最大、教徒最多、苯教仪轨保存最完整的寺庙之一。
孜珠寺著名铜像－金钢手像,海拔高度为4800米，是海拔最高的寺庙，位于西藏昌都地区丁青县觉恩乡，离丁青县城37公里。孜珠寺由于地处海拔4800米的雪山上，自然条件极为艰苦，至今还没有通电，僧人是在非常艰苦的情况下修炼苯教的佛法。现在孜珠寺有200多个僧人，寺庙为他们开办了内明、辩论、禅定3所学校，僧人在孜珠寺从内明开始修学到禅定，要把苯教现有甘珠尔（祖师敦巴辛绕口述的苯教知识）187部显宗、密宗、大圆满经典学完。近几年，由于内地的信徒的捐款，建造了通往孜珠寺的公路。每年6月下旬到8月中旬为孜珠寺最佳朝拜时间，每年6月底，孜珠寺有一年一度的法会和跳神舞蹈。从藏历（汉历同）鸡年起算，孜珠寺每13年举行一次大型的讲求因果，教人行善，倡导和平的苯教神舞――《天堂与地狱》，现在全藏地区，唯有孜珠寺保留和可以重现此舞的原貌。
孜珠寺的苯教禅院可系统地讲述苯教经典、传授包括神秘而古老的苯教无上瑜珈等各种修习方法。该寺还存有一种古老的苯教裸体神舞。
