1.医疗单位内病人之间发生的相互感染。主要发生在医院内，与医院、病室的消毒隔离制度、病房管理制度等密切相关。医院内交叉感染途径主要有空气、飞沫、接触、注射、输液等。乙型肝炎、流感、急性胃肠炎、细菌性痢疾、尿路感染、败血症等疾病较易发生。
2.监狱内罪犯的相互影响，行内人称“交叉感染”，指很多犯罪意识和犯罪技巧，像病毒一样在监狱内存在。这些犯罪意识和犯罪技巧，在监狱的不同罪犯之间互相传授。现实中许多大案、要案，特别是黑社会性质组织犯罪案，都是“二进宫”或“三进宫”者所为。
3、食品交叉感染主要指不同食品之间的互相污染，如生和熟食品的混放，已变质食品和正常食品的混放，生鲜海产品和熟食品的处理过程的污染，往往容易造成互为污染而引起致病菌的繁殖。
也有因食用品和非食用品的物理因素污染，如装过化学物质的容器再装食品。