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南航附中的前身是1934年在杭州建立的（民国）空军子弟学校。在日寇进犯我国，抗日烽火在全国燃烧的战争年代，学校为躲避战乱，保证空军子弟的安全，迁徙四川成都。抗战胜利后迁到南京。1949年南京解放，空军子弟学校与南京第一初级中学合并，成立南京市第七中学，1986年，学校与南京航空学院联合办学，更名为南京航空航天大学附属中学。
解放以来，从该校毕业的学生，绝大多数进入高一级学校深造，有的已成为院士，将军，知名高校的教授，博士生导师。成为各行各业的劳动者和接班人。
如今的南航附中是江苏省四星级高中，有一支由特级教师、全国和省市优秀教师和学科带头人组成的骨干教师队伍。今年新高一的教师主要由本届高三教师组成。航空科技是学校的办学特色，英语是学校的特色学科，每届高一年级都要组建英语特色班和航空科技特色班。
南航附中有一整套完善的教学管理制度，教师教学理念新，特别重视不同层次学生的教学和辅导，高中三年的分层推进率很高。近几年的高考本科上线和录取率均列南京市同类学校前茅，特别是2004年高考取得优异成绩，受到上级主管部门的表彰和奖励。每年有97%以上的高中毕业生进入高校深造。今年南京市高三年级一模和二模考试，该校的成绩名列南京市同类四星级学校前列，受到社会广泛关注。
该校每届高一年级都要组建特色班，有英语特色班和航空科技特色班。特色班的学生是依据中考成绩和高一新生综合水平测试所产生的。特色班学生层次整齐，注重综合素质和能力的培养，经过三年的学习，学生思想素质好、能力强、心理健康、成绩优秀，近几年特色班学生本科上线率100%，100%升入高校深造，大部分为全国重点高校。
对于报考我校的优秀学生，我校有很多优惠政策，主要包括获免试进特色班、新生奖学金、扩招予以录取、减免择校费等。例如：计划内录取的新生前20名，分别获一等奖或二等奖新生奖学金，免试进特色班。初三一模、二模考试取得优秀成绩的学生也将提前享受众多优惠政策。优秀学生可以近期到我校教务处咨询、填写表格并办理有关优惠政策的手续。
学校扩招的学生必须是第一志愿报考我校，中考成绩在本校录取线下20分以内，按规定交择校费，择校费是3万元。中考成绩特别优秀的第二志愿报考我校的学生，我校会予以扩招录取。如果学生有扩招意愿，可以在中考分数公布以后，凭分数条在规定时间内到我校登记。学校会根据登记情况，按照有关规定，择优录取。
我校面向城区和郊区招生。今年继续招收郊区住校学生，住校生每学期的住宿费是250元。优秀学生可以获得学校奖学金，免住宿费。学校成立住校学生管理班子，负责学生的思想、学习和生活，住校学生单独编班，统一管理，针对住校学生课外辅导困难的问题，学校每天利用晚自习时间，配备专门的教师对学生进行辅导。每届住校生班级均成为全校的先进班级。绝大部分住校学生经过三年的努力，均能进入理想的大学。
南航附中在白下区御道街35号，交通方便，乘4路、17路、25路、27路、52路、65路、90路等公交车在标营或光华门站下均可以到达。学校周边环境优良，附近有很多高校，如南航大、解放军理工大学、南京理工大学、南京农业大学等，还有很多科研单位，周边人文环境好，人员素质高，良好的学校环境对学校教育教学、学生良好素质的培养，营造好的校风起到了很好的保障作用。
