中国近代著名教会大学，它的前身是圣约翰书院。1879年美国圣公会上海主教施约瑟(S. J. Sekoresehewsky) 为实践其推行高层次教育的宿愿，将圣公会原辖培雅书院、度恩书院合并，在沪西梵皇渡购地兴办圣约翰书院。于4月14日破土动工，9月1日开学招入第一期学生。
初设西学、 国学、神学三门课程。由于学生水平有限，采用国语、方言同时授课的方式。1881年，任英语教习的卜舫济牧师(F． L． Hawks Pott)提前全面以英语授课，首开中国教育史上英语教习之先河。1886年卜舫济长校后，将英语教学列为各科之首，并于1892年添设正馆；教授大学本科
课程。1896年学校形成文理科、医科、神学科及预科的教学格局，为沪上唯一高等学府，对东南地区高等教育的改革产生深远影响。
1884年，该校得到美国纽约克拉克逊女士的巨额资助，兴建教堂一所，后经重建，成为该校礼堂兼圣公会教堂，80年代末该教堂被拆除后改建为华东政法学院图书馆。1894年，该校建造了中国式的教育楼，为纪念创始人施约瑟主教而取名“怀施堂”，90年代初该堂改称“韬奋楼”。1903年，圣约翰大学用庚子赔款基金兴建“思颜堂”，以纪念中国籍牧师颜永京先生。
1906年学校在美国注册，正式称圣约翰大学。1913年添设大学院，招收硕士研究生，形成预科、本科、大学 院三级敦学阶梯。1936年始招女生。 后发展为拥有文、理、工、医、农五个学院十六个系的著名大学，于1947 年向国民政府注册。
1925年五卅惨案发生后，为罢课，学生与学校当局发生强烈冲突，学校为阻止学生参加反帝斗争宣布停学，以孟宪承为首的17名教职员及553名学生愤然离校，于当年8月另组光华大学（今延安西路东华大学校址）。
1937年八一三抗战爆发后，圣约翰为避战火将学校迁往公共租界南京路大陆商场，不久与相继迁入的沪江、东吴、之江大学四校组成上海联合基督教大学。1940年又迁返原址。
首任校长施约瑟任期共10年，继位者卜舫济任期52年，一直从事教会教育事业。1941年，沈嗣良成为该校首任中国籍校长。
其校训初为“光与真理”，后加上孔子名言“学而不思则罔，思而不学则殆”。
1952年全国高校院系调整时并入在沪其他高校。校址现为华东政法学院所在地。
历届校友中以服务工商、教育、外交、医务界为多，知名者有周有光、贝聿铭、林语堂、颜惠庆、邹韬奋、顾维钧、王正廷、宋子文、宋子良、宋子安、周贻春、刘鸿生、颜福庆、陈行、牛惠霖、牛惠生、荣毅仁等。
