太平坊清真寺建于1928年前后，距今已有七十余年的历史了。当时的太平坊清真寺名为“清真义学”。
解放初期至1957年的这段时期，太平坊清真义学仍有穆斯林来寺过宗教生活。1958年，兴办工业，被石路街道租用作为工业办公室的办事机构。1960年太平坊清真义学创办大马路民办小学。几经变更，直至1982年归还给苏州市清真寺保管委员会，作为开放的宗教活动场所。
清真寺自恢复开放以来，政府多次拨款进行修缮，才有了今天的面貌。1985年政府拨款1万余元，增建了一层新楼。为了更好地适应形势发展的需要，1995年被列入苏州市政府实事工程，拨款50万元进行了以大殿为主体的翻建工程，翻建后的太平坊清真寺大殿上下整体建筑面积650平方米。2001年苏州召开APEC财长会议，市政府拨款近百万元对太平坊清真寺加以全面装修和改造内部设施，礼拜寺面貌焕然一新。今年，政府又出资为清真寺扩建大殿，还添置更新了音响设备，使宗教活动上了一个档次。
自1982年起，太平坊清真寺成了苏州市伊斯兰教活动的中心，每逢星期五的主麻日以及每年的开斋节、古尔邦节皆在太平坊清真寺举行。平时礼拜1～2百人，两大宗教节日，有近千人参加。
清真寺现有2名阿訇，他们的主要任务保证穆斯林群众过好宗教生活，同时还要为穆民做好服务工作。替穆斯林宰鸡鸭；为苏州穆斯林和清真饮食店提供新鲜的有刀口的放心牛肉和家禽；做好穆斯林善后的殡葬工作。
清真寺的经济来源主要依靠信徒的捐赠（乜帖）。
太平坊清真寺现有石碑共12块，为明清时所立。其中有的是圣谕碑，有的是官府告示，也有的是穆斯林建造礼拜寺捐的款数与名单。这些碑刻对研究伊斯兰教传入苏州的历史具有一定的参考价值。