山东大学环境研究院组建于2003年11月，是学校直属的科研与研究生培养的独立单位。由我国著名环境科学专家、中国工程院院士王文兴教授担任院长。
学科建设一直是环境研究院的工作重点之一。现设有环境科学与工程一级学科博士学位授权点，环境化学、环境生物学两个二级学科博士学位授权点。主要研究方向有：环境化学、环境毒理、环境生物、环境生态和环境热工。
人才是研究院的第一资源，研究院非常重视优秀人才的引进与培养，不但引进国内外知名学者，还努力培养自己的学术带头人。为了加大人才培养力度，研究院经常有计划、有重点地选拔青年学术带头人和优秀青年骨干教师出国出境学习与深造。研究院现有院士1人，双聘院士1人，长江学者特聘教授1人，教育部新世纪优秀人才1人，流动岗特聘教师3人，副教授2人，讲师8人，工程师2人。现有研究生33人，博士研究生6人，硕士研究生27人。
环境研究院的实验室建设也是本着严要求、高起点的思路运作。实验室现拥有离子色谱、原子吸收、多级气溶胶采样仪、DIONEX GP-IC、倒置荧光显微镜、傅立叶红外光谱仪等先进大型仪器20余台。研究院承担了多项国家级和省部级科研项目，其中包括：“973”项目、国家自然科学基金、新世纪优秀人才支持计划、山东省优秀中青年科学家科研奖励基金等。
环境研究院注重加强对外合作，包括研究生的联合培养、教师的进修、科研项目合作等。与香港理工大学、美国北卡罗来纳大学等著名学府都有着良好的学术交流、项目合作的关系；与中国环境科学研究院、中科院生态环境研究中心、中科院大气物理所、北京大学、清华大学、复旦大学等单位也都建立了良好的合作关系。
