独联体集体安全条约组织的前身为独联体集体安全条约。１９９２年５月１５日，独联体国家首脑在乌兹别克斯坦首都塔什干会晤时签署了集体安全条约。在条约上签字的有俄罗斯、哈萨克斯坦、乌兹别克斯坦、塔吉克斯坦、亚美尼亚和吉尔吉斯斯坦。１９９３年格鲁吉亚、阿塞拜疆和白俄罗斯加入此条约。条约于１９９４年正式生效，有效期５年。条约的宗旨是建立独联体国家集体防御空间和提高联合防御能力，防止并调解独联体国家内部及独联体地区性武力争端。１９９９年，条约第一个５年期限刚满，阿塞拜疆、格鲁吉亚和乌兹别克斯坦三国宣布退出。２００６年１２月，乌兹别克斯坦最高会议参议院（上院）批准了有关乌重返独联体集体安全条约组织的法律草案。
２００２年５月１４日，独联体集体安全条约理事会会议通过决议，将“独联体集体安全条约”改为“独联体集体安全条约组织”。同年１０月７日，在摩尔多瓦首都基希讷乌举行的独联体国家首脑会议期间，独联体集体安全条约组织成员国总统签署了该条约组织章程以及有关该组织法律地位的协议。
２００３年４月，独联体集体安全条约组织首脑会议在塔吉克斯坦首都杜尚别举行。与会各国一致决定成立集体安全条约组织联合司令部和快速反应部队，以应对在中亚增长的安全威胁。联合司令部于２００４年１月开始运作。
２００４年８月３日至６日，独联体集体安全条约组织在吉尔吉斯斯坦北部伊塞克湖州的埃杰利韦斯军事演习场举行“防线－２００４”军事演习。主要目的是检验集体安全条约组织应对恐怖袭击、制定先发制人的措施、跨越国境调遣部队以及采取快速行动的能力。
２００５年６月２３日，独联体集体安全条约组织６个成员国元首在莫斯科举行年度峰会后通过一项声明，就一系列国际问题阐述了共同看法。声明说，该组织成员国准备在独联体、上海合作组织和欧亚经济共同体框架内开展全面合作，希望同欧盟发展关系，并重申愿意同北约进行沟通和协调。声明说，独联体集体安全条约组织的战略目的是促进建立公正民主的国际秩序，保持欧亚大陆的繁荣和安全。
２００９年２月４日，独联体集体安全条约组织成员国首脑在莫斯科举行的特别峰会上一致同意组建集体快速反应部队。
２００９年７月３１日至８月１日，独联体集体安全条约组织成员国领导人齐聚吉尔吉斯斯坦旅游胜地伊塞克湖畔，出席该组织第二次非正式峰会。会议围绕内部合作和打击地区极端主义、恐怖主义等议题展开了“坦诚而富有建设性”的对话，以期加强各成员国间相互信任，实现该组织由单一“安全”职能向多功能方向拓展的转型。与会各国首脑决定在俄罗斯建立信息安全技术中心。
