部长级会议是世贸组织的最高决策权力机构，一般每两年举行一次会议，讨论和决定涉及世贸组织职能的所有重要问题，并采取行动。部长级会议的主要职能是：任命世贸组织总干事并制定有关规则；确定总干事的权力、职责、任职条件和任期以及秘书处工作人员的职责及任职条件；对世贸组织协定和多边贸易协定做出解释；豁免某成员对世贸组织协定和其它多边贸易协定所承担的义务；审议其成员对世贸组织协定或多边贸易协定提出修改的动议；决定是否接纳申请加入世贸组织的国家或地区为世贸组织成员；决定世贸组织协定及多边贸易协定生效的日期等。
自１９９５年成立以来，世界贸易组织已先后举行过六次部长级会议——
第一次部长级会议１９９６年１２月９日至１３日在新加坡召开。会议主要审议了世界贸易组织成立以来的工作及上一轮多边贸易谈判即“乌拉圭回合”协议的执行情况，并决定成立贸易与投资、贸易与竞争政策、政府采购透明度３个工作组，同时将贸易便利化纳入了货物理事会的职责范围。会议最后通过了《新加坡部长宣言》。
第二次部长级会议１９９８年５月１８日至２０日在瑞士日内瓦举行。会议主要讨论了已达成的贸易协议的执行情况、既定日程和未来谈判日程等问题以及第三次部长级会议举行的时间和地点。会议的主要目的是为第三次部长级会议启动新一轮多边贸易谈判做准备。
第三次部长级会议１９９９年１１月３０日至１２月３日在美国西雅图市召开。由于非政府组织的示威游行和干扰所产生的压力以及成员间在一系列重大问题上的意见分歧，会议未能启动拟议中的新一轮多边贸易谈判，最终以失败告终。
第四次部长级会议２００１年１１月９日至１４日在卡塔尔首都多哈举行。会议启动了被称为“多哈发展议程”即所谓“多哈回合”的新一轮多边贸易谈判。会议的另一个重要成果是批准中国加入世贸组织。会议最后通过了《部长宣言》等３个文件。
第五次部长级会议２００３年９月１０日至１４日在墨西哥坎昆举行，来自世贸组织１４６个成员的近５０００名代表以及非政府组织代表出席了会议。会议对世贸组织新一轮谈判进行了中期评估，同意接纳柬埔寨和尼泊尔两国为世贸组织正式成员，发表了《部长会议声明》。由于与会各方对《部长宣言草案》存在巨大分歧，大会未取得实质性成果，这是世贸组织成立８年来无果而终的第二次部长级会议。
第六次部长级会议 ２００５年１２月１３日至１８日在中国香港举行，包括世贸组织１４９个正式成员和一些国际组织官员在内的５８００多名官方代表，以及２１００多名非政府组织代表出席会议。本次会议通过了《部长宣言》，规定发达成员和部分发展中成员２００８年前向最不发达国家所有产品提供免关税、免配额的市场准入；发达成员２００６年取消棉花的出口补贴，２０１３年年底前取消所有形式农产品出口补贴。此外，世界贸易组织总理事会正式批准太平洋岛国汤加加入世贸组织 。这样，世贸组织正式成员将增加到１５０个。
