内生菌根 endotrophic mycorrhiza 指菌根中菌丝侵入高等植物根部皮层组织的细胞内,进行共生性或寄生性的生活者。半知菌类的丝核菌类(Rhizoctonia)寄生于各种杂草根的皮层中,另外还有于兰科(Orchidaceae)植物根的皮层细胞内共生,形成内生菌根。亦可见于龙胆科(Gentiace-ae)、杜鹃花科(Rhododendriaceae)等所属的很多植物的根部,真菌常常侵入根内部而形成特殊的层。兰科植物的种子由于是以未分化状态休眠,所以菌根形成时其发芽起着很大作用。一般认为这是由于真菌吸收各种有机物,使它成为兰科植物可利用的物质,但对同化游离氮素的情况尚不了解。此外,外内生菌根(ectoendotrophic mycorrhiza)是菌丝伸展薄壁组织的中层,并向各细胞内伸入树枝状的吸器而生活的菌根,见于草莓(Fragaria chilonsis var,ananassa)的根等。