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行政院海岸巡防署”（以下简称“海巡署”）是台湾当局的海岸及海洋执法及巡防救难专责单位，隶属于“行政院”。平时负责巡防各港口、沿岸地区、离岛、领海、邻接区及专属经济区，战时亦可成为战斗部队。
成立台湾当局以往的海洋相关事权，分散在警政署保七总队、财政部关税司、“国防部”（海防司令部)，因事权不一造成许多困扰。在1999年提出海岸巡防专责机构的构想。于2000年1月28日正式成立海岸巡防署。
组织海巡署的人员及船只设备分别来自“财政部”关税总局、“国防部”海岸巡防司令部以及“内政部”警政署的水上警察局等。
海巡署的首任署长为姚高桥，现任署长为王进旺。
海巡署除了幕僚及行政单位外，实际的海巡任务分有海岸巡防总局以及海洋巡防总局并且以负责区域设立分局。
海岸巡防总局管辖范围为台澎金马地区海岸自海水低潮线以迄高潮线起算五百米以内之岸际地区及近海沙洲，分为北中南东四个地区局。
北部地区巡防局：原军方北区海岸巡防部队，负责宜兰大浊水溪至新竹青天泉间的台湾北部地区海岸以及马祖、龟山岛、基隆屿、彭佳屿的海岸巡防工作。
中部地区巡防局：原军方中区海岸巡防部队，负责新竹青天泉以南至嘉义八掌溪出海口以北的台湾中部地区海岸以及金门、乌丘屿的海岸巡防工作。
南部地区巡防局：原军方南区海岸巡防部队，负责自嘉义八掌溪(含)以南迄塔瓦溪(含)以南的台湾南部地区海岸，以及东沙群岛、南沙群岛、澎湖群岛的海岸巡防工作。
东部地区巡防局：原军方东区海岸巡防部队，负责屏东、台东交界塔瓦溪以北至宜兰大浊水溪以南的台湾东部海岸以及绿岛、兰屿两离岛的海岸巡防工作。
各地区局下分设总、大队，总（大）队下则设安检所，性质类似于警察机关的“派出所”，其人员组成为志愿役及义务役军士官兵，为具有部分司法警察身份的军人。
海洋巡防总局原内政部警政署的水上警察局（前 保安警察第七总队（保七）），分成北中南东四个机动海巡队及16个海巡队1个直属船队，分界海域同海岸巡防总局，负责的是海岸之外的海域。其人员组成则多为警察出身，具有司法警察身份，亦有自关税总局或农委会调任者。
历任海巡署署长姚高桥 2000年1月28日
王郡 2000年5月21日
许惠佑 2004年5月20日
王进旺2006年1月25日