澎湖水师协为台湾清治时期甫开始﹔1684年即于台湾澎湖境内设置的军事单位。其原因是在清军攻下台湾与击溃郑家军过程中，认识到澎湖群岛其实是台湾本岛和福建漳泉的门户。而设置此水师协，也就是为了扼住台湾海峡之战略位置。
隶属于台湾镇的澎湖水师协，其水师协内的最高长官为副将，共辖有左右两营兵士，兵力达2000人。1886年，中法战争於台湾发生俗称西仔反相关战事，战事过程中，孤拔所属法国舰队轻易攻占澎湖，因此，清朝政府将澎湖水师协升格为澎湖水师镇，直接受台湾巡抚或之下的台湾道制约。不过从水师协升格後水师镇的的此清朝军事单位於1895年的甲午战争末期，遭日军击败。并在台湾日治时期开始後，加以裁撤。
先前机关：
无 澎湖军事单位
1684年-1886年 後继机关：
澎湖水师镇
历届澎湖水师协副将
詹六奇
张旺
王国兴
尚宣
陈国任
王三元
赵呈烜
叶国鼎
张进
朱杰
许云
蓝廷珍
聂国翰
罗光乾
戴宪宗
陈伦炯
董方
吕瑞麟
陈勇
陈伦炯
章隆
顾元亮
李维扬
高地(清)
任文龙
高得志
孟伍进
杨瑞
郑李嘉
邱有章
林洛
吴英汉
林贵
吴英汉
莫邝纬
吴志忠
林贵
杨添
叶相德
魏文伟
谈秀
林吕韬
魏宗圣
魏文伟
龚宣
江起蛟
戴福
许德
叶凯
颜鸣皐
林俊
招万成
王光韬
柯俊
林晃
叶巨刚
魏大斌
潘韬
黄象新
李南馨
魏成名
李长庚
胡振声
陈光昭
何定江
聂世俊
吴奇贵
张世熊
王得禄
陈景星
蔡安国
刘成魁
李文澜
陈梦熊
郭继青
萧得华
庄秉元
陈一凯
萧得华
熊廷扬
陈化成
阮朝良
陈化成
沈朝冠
常遇恩
沈朝冠
孙得发
江鹤
杨武镇
谢建雍
陈景岚
吴朝祥
詹功显
云鸿
林瑞凤
施得高
郭扬声
张保
谢焜
王国忠
邵连科
韩嘉谟
黄进平
许扬州
陈国铨
刘文珍
张显贵
吴奇勋
黄锦云
吴奇勋
李定勋
苏吉良
周善初
苏吉良
陈宗凯
