澎湖寨巡检始设于中国元朝，为历史文献上，中国首度于澎湖群岛设置的官职，也是台湾地区首度出现的正式地方统治者。另外，澎湖寨巡检司则通常是该官职驻守处。
驻于台湾澎湖马公的巡检官职，是中国元朝最基层的官员，隶属于福建泉州府。而1366年尚在任的澎湖寨巡检陈信惠不但是元朝首位驻澎官员，也是中国第一位驻于台湾地区的官员。
1370年代，明朝统治中国后，仍循例于该地设置巡检官职，直至1384年实施封海政策予以废除。1563年，考量沿海治安等因素，明朝复设澎湖寨巡检。此官职直至1622年，荷兰占领澎湖为止，才免予实授。