澎湖寨巡检始设于中国元朝,为历史文献上,中国首度于澎湖群岛设置的官职,也是台湾地区首度出现的正式地方统治者。另外,澎湖寨巡检司则通常是该官职驻守处。
驻于台湾澎湖马公的巡检官职,是中国元朝最基层的官员,隶属于福建泉州府。而1366年尚在任的澎湖寨巡检陈信惠不但是元朝首位驻澎官员,也是中国第一位驻于台湾地区的官员。
1370年代,明朝统治中国后,仍循例于该地设置巡检官职,直至1384年实施封海政策予以废除。1563年,考量沿海治安等因素,明朝复设澎湖寨巡检。此官职直至1622年,荷兰占领澎湖为止,才免予实授。