液相色谱作为分离系统，质谱为检测系统。样品在质谱部分和流动相分离，被离子化后，经质谱的质量分析器将离子碎片按质量数分开，经检测器得到质谱图。质谱图的信息和质量分析器的种类有关。按质量分析器分常见的质谱有磁质谱，四极杆质谱，离子阱质谱，飞行时间质谱，傅立叶回旋质谱等。