自然界限定景观内的生物群落间进化过程中所形成的疾病传染源。自然疫源结构中有五大要素：①相应的病原体；②媒介动物或兼贮存寄主,许多是节肢动物;③贮存寄主动物；④受纳病原体的易感者；⑤保证病原体在含有上列诸要素的病原生物群落中持续循环的适宜景观和生境及其环境条件。
病原体通过多种感染方式和传播途径，在自然界不断循环，从而维持自然疫源的活动性和持久性。例如蜱媒脑炎病毒的贮存寄主动物已知多达80余种。全沟硬蜱则是重要的媒介兼贮存寄主,它侵寄吸血的寄主竟有200多种动物。蜱可经卵将该病毒垂直传递下去，直至几个世代。带有病毒的各期蜱类吸血时,又能在200多种动物中的易感者间传播病毒。这类虫媒型自然疫源性疾病的共有特点是：病原生物群落中的病原体、媒介节肢动物以及贮存寄主动物三者及其种群活动节律的同步性、鲜明的季节性乃至一定空间的共同分布性。
自然疫源性疾病在今天疾病分类单元上，虽未单独成一体系，但却包罗病毒、细菌等多种微生物所致的感染和寄生虫病,这类疾病仍在不断增多,这与在一些动物源性疾病,即人、兽共患病中,日益发现其自然疫源有关。例如脑炎群和马脑脊髓炎群疾病、出血热群疾病、狂犬病、黄热病、马尔堡病毒病、拉萨热（拉沙热）、鸟疫、恙虫病、 Q热、斑点热群立克次氏体病、鼠疫、兔热病、布鲁氏菌病、钩端螺旋体病、蜱媒回归热、利什曼氏原虫病、弓形虫病、血吸虫病、肝片吸虫病、棘球蚴病、旋毛虫病、丝虫病、锥虫病等等都有自然疫源。据认为约有4/5的人患传染病,在自然界至少有一种或一种以上其他脊椎动物作为其病原体的贮存寄主。
