自明朝万历二十六年(1598年)，广佑寺受赐经书之后，再没有得到修缮与朝廷恩宠。后金天命六年(1621年)努尔哈赤攻占辽阳，占领辽东。天聪九年(1635年)广佑寺奉敕重修。《辽阳县志》记载：有后金天聪九年重修碑记，“此寺创于汉时，经唐尉迟恭重修，盖古刹也。”今白塔公园内可见一断为两截的残碑，碑首呈圆形，形制颇有明代遗风。此碑或可为县志所记后金重修碑，但字迹早已漫漶不可识，有关这次重修的详细情况亦无从考证。
康熙二十一年(1682年)，清圣祖玄烨东巡祭祖，曾驾幸广佑寺。在此之前，广佑寺为接驾皇帝，再次奉敕维修。也许是皇帝的心情特别好，抑或是这座禅院幽静的环境和久远的历史触动了这位雄才大略的帝王的诗兴。临行前他欣然提笔，留下题为《广佑寺》的五言律诗一首：“禅宫多岁月，瑞塔积风烟。翡翠苔碑暗，珠玑宝相传。驯檐来紫鸽，涌地出青莲。微雨轻埃洗，兹晨兴独偏。”字里行间流露出对这座寺院悠久历史岁月的感叹。
道光二十二年(1842年)，广佑寺再经维修。但这次修缮显然是经费不足，也没有得到官府的财力支持，仅作了局部的修补便草草收场。此后随着清朝国力的衰竭和洋教的进入，广佑寺开始走向衰退。