2005年4月26日至5月3日，中国国民党主席连战率国民党大陆参访团访问大陆，中共中央总书记胡锦涛与连战主席举行会谈，双方达成两岸和平发展共同愿景。举办两岸经贸论坛是落实共同愿景的一项重要内容。论坛原计划于2005年12月下旬在台北举办，由于台湾当局的阻挠未能实现。
2006年3月15日，中国国民党方面表示国民党基于提振台湾经济、繁荣人民生活、缓和两岸关系，建议将第一届两岸经贸论坛移至大陆举办。经双方商定，国共两岸经贸论坛于2006年4月14日至15日在北京举办。
中共中央政治局常委、全国政协主席贾庆林和中国国民党荣誉主席连战出席开幕式和闭幕式，并发表了演讲。中国国民党副主席吴伯雄、江丙坤、关中、林益世和中央党部有关部门主管，新党主席郁慕明及亲民党代表团，中共中央有关部门和两岸工商企业界知名人士，商务、农业、旅游、海运、航运、金融等领域的团体负责人、著名专家学者，大陆台资企业协会会长，北京市有关部门负责人等共约500人出席。
两岸经贸论坛主题是两岸经贸交流与直接通航，并共同探讨了在全球化的潮流下，两岸经贸、两岸直航及两岸农业与旅游业交流合作等相关问题。
论坛形成的《共同建议》指出，促进两岸经济全面交流，建立两岸经济合作机制，推动两岸实现全面、直接、双向“三通”，加强两岸农业合作和解决台湾农产品在大陆销售，推动大陆居民赴台旅游等涉及两岸经贸合作方面达成的共识，对于维护两岸同胞的利益和福祉、改善和发展两岸关系、实现两岸双赢和共同繁荣，有着重大意义。
在两岸经贸论坛闭幕式上，中共中央台办主任陈云林受权宣布和通报了大陆方面将进一步采取的促进两岸交流合作、惠及台湾同胞的15项政策措施。
4月16日，中共中央总书记胡锦涛会见了前来参加两岸经贸论坛的中国国民党荣誉主席连战和台湾各界人士，就推动两岸关系和平发展提出四点建议，并再次郑重表示，大陆将忠实履行对台湾同胞作出的各项承诺。
连战同日在记者会上表示，本次两岸经贸论坛所达到的目的和成果都超过了原来的预期，国民党将会继续努力推动所达成的共识能落到实处。
论坛的举办在两岸产生了广泛的影响，台湾岛内外各界高度评价了两岸经贸论坛的成果，指出对促进两岸的全面交流与合作、对振兴台湾经济都极具意义。
