日本唯一的综合性海洋研究所。所址东京都。成立于1962年4月1日。隶属文部省，从事海洋科学基础理论研究。首任所长为日高孝次教授。该所有海洋物理、海洋气象、海洋地球物理、海底沉积、洋底构造地质、海洋无机化学、海洋生物化学、海洋生物生理、海洋生物生态、浮游生物、海洋微生物、资源分析、资源生物、资源环境、 渔业测定等 15个研究室。拥有海洋调查船“白凤丸”和“淡青丸”；并设立了“大槌临海研究中心”，从事临海现场的海洋学实验、分析和研究。
研究内容主要有:中深层海水循环，海-气相互作用， 海上气团变性，海洋重力，海洋磁力，海底构造，海底沉积物，氮、碳、磷的物质循环，鱼类的洄游和生殖，底栖生物的类群，海洋微生物的分布、相互作用及生理特性，水产资源的预测，环境保护等。该所是日本参加海洋科学国际合作的核心机构，参加了黑潮及邻近水域合作研究和深海钻探计划等多项国际联合调查、研究活动。此外，该所还是国际共同利用的研究所。每年10月募集下一年度利用该所研究船、试验设施等进行研究活动的单位和个人，应征的研究计划经共同利用设施运营委员会审议，后由教授会决定。该所主要出版物有《东京大学海洋研究所通报》，《大槌临海研究中心报告》等。
