概土壤中活的有机体，我们把生活在土壤中的微生物、动物和植物等总称为土壤生
物(soil organism)。土壤生物参与岩石的风化和原始土壤的生成，对土壤的生长发育、土壤肥力的形成和演变，以及高等植物营养供应状况有重要作用。土壤物理性质、化学性质和农业技术措施，对土壤生物的生命活动有很大影响。
组成土壤微生物
土壤中肉眼无法分辨，只能借助显微镜或电子显微镜才能观察的活有机体。多为单细胞生物。包括细菌、放线菌、真菌、藻类和原生动物5大类群。大部分微生物在土壤中营腐生生活，靠现成的有机物取得能量和营养成分。土壤微生物的主要功能表现在：参与土壤有机物的矿化和腐殖化，以及各种物质的氧化-还原反应；参与土壤营养元素的循环，促进植物营养元素的有效性；根际微生以及与植物共生的微生物，能为植物直接提供氮、磷和其他矿质元素及各种有机营养；能为工农业生产和医药卫生提供有
效菌种；某些抗生性微生物能防治土传病原菌对作物的危害；降解土壤中残留有机农药、城市污物和工厂废弃物等，降低残毒为害；某些微生物可用于沼气发酵，提供生物能源、发酵液和残渣有机肥料。
土壤动物
土壤中无细胞壁的活有机体，一般能为肉眼所见。主要属无脊椎动物，包括环节动物( 蜈蚣、千足虫等)、节肢动物(昆虫 主要是昆虫幼虫)、软体动物(蜗牛、蛞蝓等)、线形动物(钩虫、蛔虫和蛲虫)和原生动物(阿米巴、草履虫等)等。根据个体大小、栖居时间和生活方式可分为若干类型，在土壤中分布极不均匀。土壤动物在其生命活动过程中，对土壤有机物质进行强烈的破碎和分解，将其转化为易于植物利用或易矿化的化合物，并能释出许多活性钙、镁、钾、钠和磷酸盐类，对土壤理化性质产生显著影响。土壤动物积极参与物质生物小循环。某些环节动物对土壤腐殖质的形成、养分的富集、土壤结构的形成、土壤发育及通气透水性能等均有较好作用。但某些动物对土壤和农、林、牧业生产有一定危害。
有关名词土壤酶
土壤中的生物催化剂，具有加速土壤生化反应速率功能的一类蛋白质。土壤中的一切生化过程，包括各类植物物质的水解与转化、腐殖物质的合成与分解以及某些无机物的氧化与还原，都在土壤酶的参与下进行和完成。土壤酶主要来自土壤微生物和高等植物，也来自土壤动物和进入土壤的有机物质。根据其存在部位，可分为脱离活体的酶和胞内酶两大类。土壤质地和结构等物理因素、土壤微生物和高等植物的营养状况，土壤一系列化学性质以及农业技术措施和工业废渣、废水等，都影响土壤酶的活性强度。
矿化作用
在土壤微生物作用下，土壤中有机态化合物转化为无机态化合物过程的总称。矿化作用在自然界的碳、氮、磷和硫等元素的生物循环中十分重要。矿化作用的强度与土壤理化性质有关，还受被矿化的有机化合物中有关元素含量比例的影响。土壤中复杂含氮有机物质在土壤微生物的作用下，经氨基化作用逐步分解为简单有机态氨基化合物，再经氨化作用转化成氨和其他较简单的中间产物。氨化作用释出的氨大部分与有机或无机酸结合成铵盐，或被植物吸收，或在微生物作用下氧化成硝酸盐。土壤中部分有机态磷以核酸、植素和磷脂形式存在，在微生物的作用下分解为能被植物吸收的无机态磷化合物。
腐殖化作用
动植物残体在微生物的作用下转变为腐殖质的过程。广泛发生于土壤、水体底部的淤泥、堆肥、沤肥等环境。腐殖化作用的进行有助于土壤肥力的保持和提高。由于植物残体的性质和数量不同，形成的腐殖质也各异。影响土壤中腐殖化作用的因素是生物残体的化学组成，环境的水热条件和土壤性质。
菌根
特定真菌菌丝与植物根联合组成的共生体。菌根可分为外生菌根和内生菌根两类。外生菌根指真菌菌丝只穿入高等植物根组织的外皮层细胞间隙，露在根外的真菌菌丝则形成鞘包。受侵染的根分支增加，形成较多的侧短根。内生菌根由真菌菌丝穿入高等植物根组织的皮层细胞内形成，并有菌丝向根外生长和伸入土壤中。菌根中伸出根外的菌丝具有与植物根毛相似的吸收能力，其伸长范围常超过根毛，扩大了植物根对营养元素的吸收面。
影响土壤生物对土壤性质有重大影响，也影响土壤污染物的净化功能。它们的作用是嚼细、分解动植物残体，使之不断降解；翻动、搅拌土壤矿物质和有机质，促进土壤团粒结构的形成。土壤生物对进入土壤中的污染物有一定忍受限度，超过这一限度便会削弱甚至危及它们的生命活动和生存，因此就降低或破坏土壤的净化功能。
