军制是军队的编制、制度、军阶等的总称，北洋水师的军制在1888年由清廷颁布的《北洋水师章程》中有详尽记载，现择其主要分述如下：
舰队编制
铁甲船：
“定远”、“镇远”二艘。
快船：
“济远”、“致远”、“靖远”、“经远”、“来远”、“超勇”、“扬威”七艘（其后又调入“平远”、“广甲”、“广乙”、“广丙”。
蚊炮船：
“镇边”、“镇中”、“镇东”、“镇西”、“镇南”、“镇北”六艘
鱼雷艇：
“左”队一、二、三号，“右”队一、二、三号六艘（另有“福龙”一艘）
练船：
“康济”、“威远”、“敏捷”三艘
运船：
“利运”一艘
官制
分为管带，帮带大副，鱼雷大副，驾驶二副，枪械二副，船械三副，舢板三副，正炮弁，水手总头目，副炮弁，巡查，总管轮，二、三等管轮，水手正副头目，一、二、三等水手，一、二等管旗，鱼雷头目，一、二、三等升火，二等管舱，一、二等管油，一等管汽，油漆匠，木匠，电灯、锅炉、洋枪、鱼雷等匠，夫役，文案，支应官，医官，一、二等舵工，一、二等雷兵，一、二、三等练勇，教习，学生。
全军设海军提督一员，统领全军，驻威海卫。总兵二员，分左右翼，各统铁舰，为领队翼长。副将以下各官，以所带船舰之大小，职事之轻重，别其品秩。总兵以下各官船居，不建衙署。副将五员，参将四员，游击九员，都司二十七员，守备六十员，千总六十五员，把总九十九员，经制外委四十三员。
军规制度
“其立军规也，由提督秉公酌拟，呈报北洋大臣核办，轻者记过，重者降级、革职、撤任。其馀不法等事，由提督援引会典雍正元年军规四十条，参酌行之。
其简阅巡防也，逐日小操，按月大操。立冬以后，各舰赴南洋，与南瑞、南琛、开济、镜清、寰泰、保民等舰合操，巡阅江、浙、闽、广沿海要隘，至新加坡以南各岛，保护华商，兼资历练。每逾三年，钦派王大臣与北洋大臣出海校阅，以定赏罚。”
