自交系是由某个优良单株连续自交多代，经过选择而产生的基因型相对纯合的后代群体。
异花授粉作物在人工选择、控制下连锁自花授粉产生的后代。如玉米经过3～5代自交系选择，就可选出生长整齐、性状优良的自交系。用与杂交作亲本。