南京大学浦口校区，坐落于南京珍珠泉风景区的龙王山脚下，面对长江，东接宁连、宁通高速公路，西邻宁合等国道，毗邻南京国家高新技术产业开发区，与鼓楼校区相距18公里。一九八七年，经原国家教育委员会批准，南京大学开始征地建设浦口校区，一九九三年九月，浦口校区开始接纳第一届新生。浦口校区现有占地2848亩，各类建筑设施约28.9万平方米，在校学生10000余人，浦口校区的建设为南京大学在新世纪的可持续发展提供了广阔的办学空间，它与鼓楼校区形成隔江并峙，协调发展的办学新格局。 浦口校区实行“统一领导，职能延伸，以条为主，校区统筹”的管理体制和运行机制，为推进学校中心工作北移和加强浦口校区的领导，学校还成立了以主管教学工 作的副校长任组长，学校有关部门和院系领导参加的浦口校区工作领导小组，领导、指导和协调浦口校区的教学和管理工作。
自办学以来，浦口校区始终把“持续提高人才培养质量”作为各项工作的出发点和落脚点，坚持“育人为中心、教学为重点” 的工作指导方针，不断深化教学改革，实行由名教授上基础课的首席教授讲课负责制，推广研究型启发式教学；通过每年上半年举办大学生学术科技节和每年下半年 举办大学生文化艺术节活动，为大学生的学术、科技、文化、艺术活动提供广阔的舞台；同时，大量开设院士讲座和名家论坛，着力培养大学生的科学素养与人文精神、创新意识和实践能力，初步形成了“强化拓宽基础、早期科研训练”的特色。校区学生思想教育工作生动活泼，通过举办青年共产主义学校和学生党校，推进思 想政治工作进网络，进社团，进公寓的“三进”等工作，积极引导学生在政治上健康成长；校区还通过推进学生保洁员制度、开展创建优秀班级和文明寝室活动，促进了校园精神文明建设。多年来，浦口校区的建设和发展深受社会各界关注，前来浦口校区视察、参观和考察的各级领导和海内外宾客络绎不绝。他们高度评价校区的建设、管理和办学水平，对南京大学的明天寄予厚望。杨振宁教授曾先后三次访问浦口校区，并亲笔题词：“年轻人和新校区是南京大学的未来”为了实现江泽民总书记提出的“把南京大学办成具有国际影响和富有特色的教学科研中心”的战略目标，南京大学正瞄准“综合性、研究型、国际化”的目标，努力创建世界高水平大学，力争在若干年内把浦口校区建设成为绿色生态型、数字化、园林式校园。
2009年6月，南京大学浦口校区结束历史使命。
2009年7月，在欢歌笑语声中，南京大学师生搬离浦口校区，迁入仙林校区。校长和书记兴高采烈。
南京大学软件学院2005级全体本科生和南京大学软件学院2009届全体硕士毕业生，没有辜负母校的重托，善始而慎终，不离不弃，陪伴着母校走完了最后的日子，坚强地实践了“嚼得菜根”的校训。
