轩辕碑记医学祝由十三科中所谓“十三科”者，大抵指元、明两代国家确立的医疗机构：大方脉科、诸风科、胎产科、眼目科、小儿科、口齿科、痘疹科、伤寒科、耳鼻科、疮肿科、金镞科、书禁科、砭针科等十三科。
祝由科作为一种官方化的巫医，自隋代开始被纳入官方医学范畴，唐承隋制，在医署设立“咒禁科”主管禁咒，除邪魅之法。
据《中国历代官制词典•太医院》条太医院所定的十三科，元代为：大方脉科、杂医科、小方脉科、风科、产科、眼科、口齿科、咽喉科、正骨科、金疮肿科、针灸科、祝由科、禁科；明代为大方脉、小方脉、妇科、疮疡、针灸、眼、口齿、接骨、伤寒、咽喉、金镞、按摩、祝由。
祝由科的官制地位虽被传统观念的医家不齿，但还是在唐至明所属太医局（院）留有一席之地，清人入关以后，秉承了明朝官制，虽太医院已经废除祝由科一职，但满族信仰萨玛教，对患病者除正规医药外，尚保留“跳神”习俗，以为驱役鬼神。
《鸡林•旧闻录》：“萨玛教为东夷一种宗教，在昔满洲人亦迷信之。此教今日在宋、黑、马三江下游，南及朝鲜，咸镜诸道皆染此习。凡人患病辄延男巫，亦有女觋至家，……蹈足而行，作咒如魅言及人术，以除患疾。”可见皇室在愚民政策上有所变动，其实是换汤不换药罢了。
然而祝由科虽在官方医科中有一席之地，其自身并无十三科之分，为何民间祝由科有十三科呢，又为一些名医所借鉴呢？
究其原因：一是“祝由一术统摄内外诸症，不用方脉，可免误辩温凉；不用针灸，可免误刺穴道；不用方药，可免误下毒药。民间传讹，误为官家分类，以一科而分十三科之属尔。”二是“治病之法，深奥千里，浅学济急，未辨精微，颇多误事。乡民鄙人，仓猝之间，勿药而喜，类泛简便，得一二者，救活生灵，善功德事哉！”
祝由各科治疗方法主要据道教灵宝派典籍宋末元初•林灵真编辑的《灵宝领教济度全书》内（存思玄妙品•咒）和（符简执范品•符）及通行本所载的为主，其十三科之主治分类为：
大方脉科（主治：伤寒、痰喘，一切内症兼杂医）
诸风科（主治：麻木、瘫痪及一切中风）
胎产科（主治：胎前、产后及妇科诸症）
眼目科（主治：眼病及时疫眼病）
小儿科（主治：小儿惊、疳等诸症）
口齿科（主治：牙痛、骨鲠及喉科诸症）
内外科（主治：疗毒、淋浊、痔疮及一切恶候）
伤折科（主治：跌打压伤及诸虫兽伤）
耳鼻科（主治：耳聋、鼻衄及一切耳鼻病）
疮肿科（主治：恶疮、癞疥、无名肿毒等）
金镞科（主治：金属所伤及消针化刺）
书禁科（主治：镇邪、驱鬼、辟毒、截症）
砭针科（主治：癫痫，筋骨疼痛）
祝由治病是传统医学的组成部分，早在《黄帝内经》中就有祝由十三科的治病方法。由于历史的原因，祝由治病一直只在民间秘密流传，被极少数人掌握应用。
祝由有一种信息物质的存在，有穿透性。祝由各有门派，一般都是咒语，古言符号，真言同用，符是符号语言，咒是语言符号，互依互存，相得益彰。
祝由的特性和功效是多方面的，利用祝由可传递、接收、凝集、储存宇宙信息为自身和他人治病。治病简单，方便，快速，不消耗自身精气，以发挥宇宙信息应有的能量，对治疗疑难怪病有不可思议的功效。
祝由治病现在还无法用现代科学理论加以解释，但疗效却不可思议，看似简单，实则深奥，看似神秘，实则科学，有待炎黄子孙发掘、继承、应用和推广。
《轩辕碑记医学祝由十三科》二卷、增补一卷清涵谷山人撰西蜀青城山空青洞天藏板刊本
空青洞天乃是西蜀清代道教刻书的中心，由道观专职人员收集、整理少见稀有的道书。除此书外还有《吕祖全书》、《三峰全书》等等，用纸讲究，用墨精到，刻印双美，校对细致，在清代就是修行学道者寻求的书籍。
此套书，两卷及补编全，分为四册，与其它坊刻本的《祝由科》相比较，书品、版刻、用纸、用墨、印刷都算精致的。
全书白色棉纸，光滑、平整、帘文细密，因为套有红色印刷，经百余年晕化，使之纸张自然旧中略现红色。
朱墨套印的书，制版困难，印刷复杂，历来是藏书家争相抢购的版本。唯一遗憾的是，古代的红色属于矿物原料，和墨相比，胶性不够，故而不能见水，潮湿，会使红印的部分颜色晕化、变暗，甚至有完全脱色的现象。这套书的红印部分，万幸没有晕化，但已经颜色稍淡、浅，或者已经由朱红转为曙红色，但仍然清晰可辩，红黑分明。
