护国寺小吃店以清真京味小吃以庙会经典品种为主。经过多年的发展品种也有变化。日常经营的品种有各种黏货。有各种细馅元宵，清真汤圆，艾窝窝，豆面糕，芝麻年糕，果料年糕，豌豆黄等，炸货有蜜麻花，开口笑，薄脆，焦圈，流食有豆汁，面茶，小豆粥，杂碎汤，鲜豆浆，杏仁豆腐，莲子粥等。该店制作的豌豆黄，艾窝窝，豆面糕，果料糕，蜜麻花，蜜三刀，焦圈，糖火烧，豆馅烧饼，糖油酥，咸麻酱烧饼等，干稀、甜咸，蒸炸煮饺烙等近百个品种。
面茶是护国寺清真小吃的特色品种之一。过去一般在下午售卖。有诗说:“午梦初醒热面茶，干姜麻酱总须加。” 喝面茶很讲究吃法，吃时不用筷、勺等餐具，而是一手端碗沿着碗边转圈喝，非老北京人恐怕无此吃法的。为什么要用这种吃法呢?这与品尝面茶的风味有关。
馓子麻花是护国寺清真小吃的精品。工艺流程繁杂。先将矾、碱、红糖、糖桂花放在盆内用温水溶化，再将面粉倒入和均匀，和好后挫长条盘起来饧一会儿，然后揪成40克一个的小剂。将麻仁用开水拌起来，将小剂粘上拌好的麻仁，挫成10厘米长的小条码在盘中，码3至4层再饧着。饧好后，拿起两小条用手挫成均匀的长绳条2根，对头折两个来回成8根，两头捏在一起，成两头尖、当中大的枣核形或扇形状，用油炸熟即成。炸时锅内花生油五成热，拿着馓子麻花的捏头处，将坯子下入油锅来回摆动使其定型，待坯子稍硬挺后，整个入油中炸，炸成棕黄色即成。馓子麻花的质量特点是颜色棕黄，质地酥脆，香甜可口。
北京人喝豆汁儿，始于清乾隆十八年(公元1753年)前后。有种说法：“北京豆汁儿，旗人的命根儿”不无道理。豆汁儿最初是清宫御膳的一种饮料。虽“味儿”个别，但有保健的功效。夏天可消渴解暑，冬季能清热温阳，四季喝它，益于开胃健脾、去毒除燥。喝豆汁儿有讲究，得配上焦圈、咸菜丝儿。人们说，豆汁儿是“味在食外”的特色小吃。为了保持特色，自五十年代至今护国寺小吃店坚持经营不断档。一些国外侨胞，港澳同胞来特地到护国寺小吃店一品豆汁，感受浓郁的北京地方风情。1997年8月份在原国内贸易部、中国烹饪协会等组织的首届“中华名小吃”认定活动，护国寺小吃的豆汁儿被认定为“中华名小吃”。
