明都察院各道监察御史中，有以巡视漕务为专职者，称巡漕御史。清初沿置，顺治七年（1650）罢，雍正七年（1729）又分遣御史赴淮安、通州稽察漕务。乾隆二年（1737），定置巡漕御史四人，分驻淮安、济宁、天津、通州四处，巡察漕务，直接报告皇帝。