长崎孔子庙据推测始建于1893年（明治26年）。是长崎华侨继各大乡帮的“四大唐寺”之后，在清王朝驻长崎领事馆的建议下，由各大乡帮（主要是由三帮）组织平均分担出资，是国外唯一一座由中国人建造的孔子庙。它自建成至今已有一个多世纪。孔子庙位于长崎大浦町，庙的格局和国内的孔子庙出于一式。主殿均是黄琉璃瓦屋顶和汉白玉栏杆，富丽堂皇。大成殿内供奉有孔子塑像和4圣牌位，两侧有孔子弟子七十二贤人的大型石雕像，每座高1.8米左右，重2吨，完全是根据李公鳞的画谱塑造的。大殿里的全套祭器都是按照曲阜孔庙的复制的。在庙后的三层楼上还设有“中国历史博物馆”，展示了中国历史博物馆提供的中国古代的文物。
孔子庙每逢孔子诞辰纪念日都基本上按照古代形式，穿戴上古时衣幅等举行隆重的祭孔活动。