至元二十八年，入仕元朝的意大利人马可·波罗奉命护送阔阔真公主远嫁波斯伊儿汗国阿鲁浑汗，率领庞大船队从泉州港出海。他在游记中写道：“刺桐是世界上最大的港口之一，大批商人云集这里，货物堆积如山，的确难以想象。”50多年后，摩洛哥旅行家伊本·白图泰来泉，他在游记中云：“刺桐港为世界最大港之一。由余观之，即谓世界最大之港，亦不虚也。余见港中有大船百余，小船则不可胜数矣!”罗马教皇使节玛黎诺里(意大利人)来华，回国时由泉州放洋。他在《奉使东方录》中说：“刺桐港为大商港，面积广大，人口众庶。”至正九年(1349年)，汪大渊的《岛夷志略》记载泉州与海外通商贸易的国家与地区近百个，比南宋增加40个。泉州成为“梯航万国”、舶商云集的东南巨镇。“缠头赤脚半番商，大舶高樯多海宝”。海外贸易超过广州，一跃成为世界大港，与埃及亚历山大港并驾齐驱。
元·至正十七年到至正二十六年（1357-1366年），元朝实行种族歧视政策，如严禁福建军民诸色目人等习学武术或弄枪棒，违者教师及习学人并决（杖）77下。此后，又禁止汉人藏兵器，畜马匹。又屡次诏令泉州大造战船对外用兵，“民众实为艰苦”。自元初以来，泉州不断爆发抗元的农民起义，元廷诏令泉州行省“对所辖州郡山寨未归附者派兵攻拔，对已归附复叛者屠之”，农民起义一次次被镇压下去。
元·至正十七年（公元1357年） 三月，福建“义兵”万户赛甫丁和阿迷里丁（均为波斯亦思巴奚又称亦思法杭城人）不堪歧视，率众“叛据泉州”，伺机北略兴化、福州。
元·至正十九年（公元1359年） 二月，三旦八（前江浙行省平章，贬居兴化，自设“兴化分省”，自命“平章”）率兴化官兵和泉州赛甫丁之兵数千人，应福建行省平章政事普化帖木儿之召进驻福州，参加内战。 三月，泉州阿迷里丁率兵突袭兴化城。三旦八从福州赶回兴化，劝阿迷里丁退兵，被阿拘留。阿迷里丁“纵兵杀掠”近一个月，于四月押三旦八和所掳男丁退回泉州。
元·至正二十二年（公元1362年） 二月，泉州市舶提举那兀纳参加起义队伍。 五月，福建行省平章政事燕只不花击败赛甫丁。盘踞省城3年之久的赛甫丁带领“余众航海还据泉州” 。
元·至正二十三年至二十五年（公元1363—1365年） 那兀纳多次发兵攻惠安、仙游、兴化等地。兵祸连年。
元·至正二十六年（1366年）三月，福建行省左丞陈友定奉命讨伐那兀纳。陈友定令兴化守将柳伯顺、林珙率水军，自率步骑兵，从水陆两路南下泉州。
元·至正二十六年（1366年）五月，省军兵临泉州。千户金吉、龚名安等人夜开西城门引入，泉州一带长达十年之久的战乱方得平息。由于十年的战乱，致使番舶不敢进港，商贾不敢抵泉，陈友定乘机大肆杀戮色目人，也致使大批穆斯林逃离泉州，迁徙乡间或他方，多隐姓埋名，以求生存，至此盛极一时的泉州港开始冷落。 史称“亦思巴奚兵变”。
