三千院是佛教门派之一天台宗的寺院，创建于公元1118年。寺内主尊木造阿弥陀如来像和两侧侍像均为国家级重要文化财产。寺院内古树参天，青苔遍地，溪水潺潺，4月樱花、5月杜鹃花、7月紫阳花、秋季红叶，一年四季自然景致令人赏心悦目。
日本天台门迹寺院之一。位于京都市左京区大原来迎院町。原称圆融院、圆德院、梨本坊、■井门迹。山号鱼山。延历十三年（794）左右，最澄于比睿山东塔南谷建立一堂宇；贞观二年（860）承云改建，号三千院圆融房，或称圆融院，本尊为药师如来，被列为敕愿寺。应德三年（1086），白河天皇为中宫贤子祈福，于东阪本■井里建一别院，号圆德院。此为■井门迹之始。
自堀河天皇的皇子最云法亲王为该寺第十二世之后，该寺世代由皇族住持，而成为天台三门迹寺院之一，统管声明音律之事。贞永元年（1232），诸堂被火焚毁。建长二年（1250）寺基移至船冈山麓犁鼻，后又迁至白河等地。应仁之乱后，因遭回禄而移至大原现址。寻又遭火灾，天正年中（1573～1591）再建，然已不复旧观。
境内有往生极乐院，一称惠心院，据传为惠心僧都所建；以与三千院接邻而合并之，今为三千院之本堂。此堂外观虽经后世改建，内部则存藤原后期的代表阿弥陀堂建筑的样式。其庭园为江户初期之作，为京都之洛北名胜。