湖州市第三中学创建于1958年，现坐落于市区建设路134号。初建时为初级中学，1970年开始招收高中学生，实行完全中学建制，1980年，学校被列为全市首批中等教育结构改革试点单位。该年6月，湖州市人民政府决定，将湖州三中高中部改为“湖州市职业中学”，为湖州市第一家职业中学，由三中统一领导，实行“一副班子、两块牌子”的管理体制。此时，全校有25个班级（初中17班，高中3班，职高5班）。
1985年4月，经省市主管部门批准，将三中改建为“湖州市中等专业学校”，实行“三副班子，三块牌子”的管理体制。1990年暑期，湖州中专独立办学，另择校舍，与三中分离。同年，“湖州环城高级职业中学”并入湖州职中，更名为“湖州市第一高级职业中学”，发展规模为12个班，与湖州三中一起，实行“一副班子，两块牌子”的管理体制。
2001年暑期，该市进行学校布局调整，理顺学校体制，实行初高中分离，湖州市第一职高又与市工业设计学校合并，从三中迁出。湖州三中又重新组建领导班子，实行纯初级中学的管理体制。
今天的湖州三中占地面积20155.7平方米，建筑面积14219平方米。建有行政楼，教学楼，实验楼，食堂。除教室外，配有自然实验室，图书室，语音教室，计算机教室，多媒体教室，音乐教室，美术教室，舞蹈房，劳技教室，科技活动室，心理咨询室，德育展览室，校园广播网络，操场，运动场，绿化带等。教学条件先进，教育环境优雅。
现有24个初中教学班，在校学生1115人，教职工88人，其中中共党员24人，民主党派成员5人，有任职资格的教师76人，其中高级职称16人，中级职称28人。专任教师中具有大学本科学历60人，具有大专学历13人，共73人，占全校教师的96。1%。
学校党政管理机构有党总支委员会（下设2个支部委员会）、校长室、校长办公室、教务处、政教处、团委、工会、总务处、教科室等党、政、工、团、妇组织健全。学校领导班子平均年龄44岁，精干务实，富有朝气、分工负责、团结协作；学科结构合理，校级和中层领导均能担任主要学科的教学工作，深入课堂第一线，工作踏实，责任性强，以身作则。教师中有全国优秀教师，省家庭事业兼顾型先进个人，市、区级德育先进工作者，市、区级优秀党员，市、区级先进工作者。各年级各学科均有本地有影响的教学骨干，有5位教师为市学科教研大组成员。现有6位教师是我区各学科教研大组成员。市区级教学明星1人，市区级以上教学能手8名，市区级以上教坛新秀15名，覆盖语文、数学、外语、社会、自然、体育等学科，一支以中青年教师为主体的，朝气蓬勃、敬业奉献的高素质教师队伍已经形成。
学校在党总支、校长室的领导下，坚持社会主义办学方向，全面贯彻党的教育方针，全面推进素质教育，学校的物质文明与精神文明协调发展。学校领导班子团结自律，教职工敬业奉献，全校学生勤学守纪，校园环境整洁优美，教育设施规范达标，教学质量稳步提高。2002年被评为湖州市文明单位和德育先进集体，2003年被评为区德育先进集体，多次被评为市文明学校；99年以来连续被评为月河街道社会综合治理先进单位。2003年被命名为市绿色学校，2004年被授予省绿色学校等荣誉称号。
在市教育局的强迫下，于2007年下半年 解散。
