各级财政预算部门用基金预算收入安排的支出。根据《财政部关于印发(2001年政府预算收支科目)的通知》(财预[2000]129号)的规定，基金预算支出分为8类：包括工业交通部门基金支出、商贸部门基金支出、文教部门基金支出、农业部门基金支出、土地有偿
使用支出、其他部门基金支出、地方财政税费附加支出、基金预算调拨支出。其中：工业交通部门基金支出收入包括20款，即电力建设基金支出、三峡工程建设基金支出、养路费支出、车辆购置附加费支出、铁路建设基金支出、公路建设基金支出、民航基础设施建设基金支出、邮电附加费基金支出、港口建设费支出、市话初装基金支出、民航机场管理建设费支出、下放港口以港养港支出、烟草商业专营利润支出、碘盐基金支出、散装水泥专项资金支出、贴费支出、邮政补贴专项资金支出、墙体材料专项基金支出、铁路建设附加费支出和适航基金支出。商贸部门基金支出包括2款，即外贸发展基金支出和国家茧丝绸发展风险基金支出。文教部门基金支出包括4款，即农村教育附加费支出、文化事业建设费支出、地方教育附加支出和地方教育基金支出。农业部门基金支出包括5款，即新菜地开发基金支出、育林基金支出、灌溉水源灌排工程补偿费支出、中央水利建设基金支出和地方水利建设基金支出。土地有偿使用支出包括2款，即城市土地开发建设支出和耕地开发专项支出。其他部门基金支出包括1款，即旅游开发基金支出。地方财政税费附加支出包括4款，即农牧业税附加支出、城镇公用事业附加支出、渔业建设附加支出和其他附加支出。基金预算调拨支出包括4款，即基金预算补助支出、基金预算上解支出、基金预算调出资金和基金预算年终结余。
