当万历皇帝彻底摆脱了张居正的束缚之后，就开始了他独裁的统治，万历贪财，征税的项目千奇百怪，无物不税、无地不税，真是苛政猛于虎；万历生活奢侈，年方二十，就开始着手为自己修建寿宫（陵寝）；万历懒，二十八年不临朝听政，高唱“天下无一时可忧之事”，衙门内严重缺员，而候补的官员却又得不到提升，以至于终生候补。因此后人评论“明之亡，不亡于崇祯之失德，而亡于神宗之怠惰。” 万历朝有三件大事，援兵朝鲜、国本之争、梃击风波，先说说援兵朝鲜。要说张居正去世之后万历皇帝还干过什么好事，那就算援兵朝鲜了。
当时的日本处于分裂后的统一时期，当时的统治者丰臣秀吉统一了日本后，就将矛头对准了朝鲜，朝鲜本是中国的藩属，万历皇帝对此表现出了非常的重视，毅然决定派兵援助。明军一到朝鲜，就给日本侵略者以沉重的打击，先后收复了平壤，开城，平壤之战体现了明军顽强的战斗精神，一举取得了此次攻坚战的胜利。
但是日本人很快缓过了气，明军的继续前进受阻，双方进入了对峙的局面。当时由于国内很不稳定，军费开支很大，日方也想回国整顿，因此双方很快达成了议和协议，各自罢兵。
谁知日本人一向说话不算，三年后又挑起了战争，万历皇帝此时宛如一代英主，毅然决然再次派兵，本来吝啬的他，此次也动了血本，向朝鲜战场输送了大量的银两、粮草。
但这次日本的进犯是有备而来，明军在战场上没有占到一点便宜，除了零星的小胜利之外，难有大的作为。好在丰臣秀吉病死，日军将领率兵回国抢占地盘，朝鲜战争以明军的不战而胜画上了句号。不管怎样，万历皇帝在这件事上处理的还是不错的。 再来说说国本之争，万历年轻之时，偶尔行到母亲的寝宫，发现了一个宫女长的非常可人，于是私下临幸，谁知宫女竟怀了龙种，万历的母亲本就是宫女，因此，并没有为难这个宫女，反倒让万历皇帝封他为妃，十月怀胎，生下了一个皇子，他就是光宗朱常洛，万历皇帝对王宫女的临幸只是一时兴起，并不当真，新劲一过便不想负责任，因此他对王氏、朱常洛都没有什么感情。
另外一点，当时的郑贵妃，宠冠后宫，是万历皇帝的心尖，郑贵妃是邀宠的好手，把个万历皇帝弄的神魂颠倒，对她言听计从。郑贵妃也有儿子，朱常洵。这个小孩长的也招人爱，出身也好，万历皇帝在郑贵妃的怂恿下，总想借机立他为太子，于是就想出了种种办法，但遭到正直大臣们的极力反对，当时太子又叫国本，因此，皇帝与大臣间的这次斗争又称为国本之争。国本之争是继嘉靖朝“大议礼”后的又一次大规模的皇帝与大臣的冲突，不过这次的胜利者应该是众大臣，因为朱常洛毕竟登上了皇位。 梃击风波可以说是从国本之争演变而来，他也是郑贵妃为了能使自己的儿子继承皇位，所做的孤注一掷的最后进攻，国本之争大臣的势力占了上风，郑贵妃心中非常着急，于是派自己的心腹太监雇人，行刺太子，被雇的人明叫张差，在太监的配合下，他顺利地到达了太子寝殿的门口，当他手持木棒杀进去的时候，被守门的太子宫中太监当场抓住。 这就是著名的梃击案。以上只是对此案的一家之言，关于案件的说法还很多，总没有一个定论，因此此案被列为了明宫三大疑案。此案也说明了当时太子朱常洛的地位是多么危险。
万历四十八年七月，万历皇帝走完了他矛盾的一生，他曾作为一代英主，在张居正的辅佐下，使大明王朝的经济得到了空前的繁荣，他也曾穷奢极欲，横征暴敛，背负了千古骂名，在他五十八岁的这一年，他终于回到了天上，他终于可以摆脱心中善与恶的斗争了。
