2005年，时值复旦大学百年校庆庆典年，学校决定正式成立复旦学院。每年复旦大学的本科新生（包括留学生）按专业录取后将进入复旦学院，学习一年后再进入专业院系学习。
复旦学院的模式在国内高校中还没有先例。不同于国内很多高校基地班、实验班等创新人才培养模式，复旦大学学分制建设从一开始就以全校学生为对象，强调关注所有学生的需求，为所有学生的成长平等地创造机会。复旦学院将借鉴国内外著名大学本科生培养的优秀经验，深入贯彻“以学生为本”的理念，以培养全面发展的高素质、创新型人才为目标，全面推进本科教育教学体制的改革。
1、着力建设以综合教育和文理基础课程为核心的通识教育课程体系，建立并完善通识教育教学评估指标体系和实施体系，摸索并推广通识教育教学法。
2、发动全校教育资源、建立导师团，为学生构建全方位的学业指导体系。学院聘请全职导师根据学生作息时间为学生提供个性化学业指导，聘请各院系教授学者以兼职导师身份组织各种类型讲座座谈，深入班级寝室，与学生密切接触、充分交流。
3、借鉴国外大学住宿学院做法、承续中国书院文化传统，构建与教学改革相适应的全新学生管理体制。复旦学院以复旦历史上德高望重的老校长的名字命名，建设四个书院：志德书院，为了纪念复旦创始人、第一任校长马相伯，其字相伯，名“志德”，取其意，明志且道德高尚；腾飞书院，为了纪念老校长李登辉，其字“腾飞”，取其意，崛起成功；克卿书院，为了纪念上海医学院创办者颜福庆，其字“克卿”；任重书院，为了纪念解放后第一任校长陈望道，其字“任重”，取其意，任重而道远。复旦先贤们的光辉人生历程、坚定理想信念和高尚精神气质是每一个复旦人学习奋进的榜样。书院作为住宿楼，既是学员生活的空间，更是学员交流学业思想、切磋人生体悟、培养集体意识、提升精神境界的空间。
4、深入开展“大学导航”主题教育培养活动。通过实施“知识补习计划”，帮助部分学生弥补因国籍地区学校差异导致英语水平、计算机能力、数学基础和汉语水平等方面的不足，树立自信心；通过实施“大学导航计划”，帮助学生了解市情和国情、理解大学概念、熟悉校园生活、认识各院系专业内涵，由此明晰社会责任、树立人生理想，更好规划大学生活和未来人生旅程；通过实施“学养拓展计划”，引导学生在自我认知和定位基础上，充分享受复旦深厚文化底蕴、自主选择校园丰富教育资源、积极投身校园多彩文化生活，对于公民素养、身心和谐健康、人文博雅素养、学习能力和科学精神、领袖气质等形成较深刻的认识并接受较充分的锻炼培养。
复旦学院的创办，将有利于落实学校的培养目标，造就高素质的创新人才；有利于课程结构的完善，进一步协调学分制建设和课程设置、通识教育与专业教育的关系；有利于建立开放性的教学管理模式，适应交叉性、复合型人才的培养规律。每一位新同学经过在复旦学院一年的学习生活，树立远大志向，夯筑宽厚学养，塑造完善人格，陶冶复旦精神，并为后三年的专业学习和全面发展打好基础。
复旦学院的特点
1 大一新生不按专业组建班级，同班和同宿舍同学专业背景不同
2 除了各专业基础课程，同学们还要修读通识教育核心课程，目前包括文史经典与文化传承、哲学智慧与批判性思维、文明对话与世界视野、科技进步与科学精神、生态环境与生命关怀、艺术创作与审美体验6个模块
3 有包括班级导师、专业导师和复旦学院专职导师的导师队伍为学生提供各方面建议，帮助同学适应大学生活
4 ”启航项目”为同学们提供接触科研实践的机会
