藏传佛教格鲁派大活佛,第三世达赖喇嘛。出身于拉萨堆龙德庆县泽噶康萨贡地方的一个贵族家庭,父名南杰扎巴,母名贝宗布赤,家族为玛氏。相传他3岁时记忆起上一世的事,口中说出要去哲蚌寺的话。而当时哲蚌寺正在寻访二世达赖喇嘛根敦嘉措的转世灵童,经过仲钦桑热巴考察及哲蚌寺吉哇执事等商议,认定他为根敦嘉措的转世,并于明嘉靖二十五年(1564)迎入哲蚌寺供养。二十八年(1549)以班钦索南扎巴为师受沙弥戒,并跟从班钦索南扎巴等高僧学习显密教法。当时格鲁派急切需要一位能号召各方的领袖,故他在9岁时即就任哲蚌寺第十二任法台,并在三十二年(1553)登上主持拉萨祈愿大法会的法座,为僧众说法。22岁时以格勒贝桑为师受比丘戒,又兼任色拉寺第十三任法台。曾到前后藏各地及藏北蒙古人中讲经传法,与各地方首领结纳关系。万历二年(1574)和四年(1576),转牧青海的蒙古土默特部首领俺答汗两次遣使邀请,他于五年(1577)十一月自哲蚌寺启程,六年(1578)五月抵达青海湖边,与俺答汗在仰华寺会见,俺答汗赠给他“圣识一切瓦齐尔达赖喇嘛”尊号,他回赠俺答汗“咱克喇瓦尔第彻辰汗”尊号。俺答汗集合土默特、鄂尔多斯、永谢卜诸部十余万众集会,宣布信奉格鲁派,以法令规定部属抛弃萨满教“翁衮”神信仰,废止夫死妻殉、杀牲祭祀等旧俗。俺答汗还命一批王族子弟随索南嘉措出家,格鲁派遂在蒙古族中扎根。当年明朝派人到青海湖边邀请他,并要他劝说俺答汗率众返回土默特。冬天他到达甘州与巡抚侯东莱会见,并致信明朝宰相张居正,请求准许他进贡。七年(1579)俺答汗率众东返,他派弟子东科尔呼图克图为代表随俺答汗去蒙古,自己从青海返藏。八年(1580)在康区建理塘大寺。十年(1582)底应邀从昌都去土默特参加俺答汗的葬礼,途中经过宗喀巴出生地塔尔寺时,指示当地藏族头人将塔尔寺扩建为格鲁派的大寺院,又到夏琼、丹斗、宏化、炳灵、临洮等寺院朝礼,并传播格鲁派教法。十三年(1585)在鄂尔多斯西拉乌苏河岸与蒙古各部首领会见,调解纠纷。十四年(1586)抵归化(今内蒙古自治区呼和浩特市)与僧格都棱汗会见,为俺答汗举行盛大的超荐法事,并在归化城建锡热图召(寺院)。十五年(1587)应察哈尔部首领图门汗邀请去蒙古东部传法收徒,喀尔喀部阿巴岱远道前来会见,他赠其“诺门罕瓦齐尔可汗”尊号。次年因顺义王奢力克请求,明朝派人到蒙古封索南嘉措为“朵儿只唱”,颁给印章,并请他进京朝见皇帝。进京途中,他不幸患病,于同年三月在蒙古卡欧吐密地方圆寂。