在真核生物的rRNA基因各亚基间的基因间区(intragenicspacer)为高度重复序列，包括18S rRNA基因与5.8S rRNA基因间的内转录1区(internal transcribed spacer-1, ITS-1)、5.8S rRNA基因与28S rRNA基因间的内转录2区(internal transcribed spacer-2, ITS-2)、NTS序列，其序列的重复次数有显著的株间差异，可用适当引物或探针以PCR或Southem杂交法显示株间多态性.
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