1993年7月，九台市教育科学研究工作领导小组建立，1993年9月，九台市教育科学研究所成立，所长由教育局局长吴绍文同志兼任，副所长由教师进修学校校长张学忠同志兼任，专职人员四人，三人本科学历，一人专科学历。1997年，九台教委调整了教科所的建制，定为与九台市教师进修学校同级，由周永庆同志任所长，郝长春同志任教科办主任，编制四人。2002年7月，教科所人员再次调整，由郝长春同志任教育科学研究所副所长，主持工作。教科所编制为五人，现有四人，其中，三人本科学历，一人专科学历。
1994年5月，九台市教育科学研究所召开了九台市第一次教育科研工作会议，会议全面贯彻了省、市教育科研工作要求，做出了“大力加强教育科研，为深化教改，提高教育质量服务”的决定。1996年召开了九台市第二次教育科研工作会议，全面规划了九台市“九五”教育科研工作，表彰了九台三中、二十二中、实验小学、师范附小等一批科研先进校，《农村初中办学模式改革》等一批优秀研究项目。1999年4月召开了九台市第三次教育科研工作会议，全面总结了九台市“九五”教育科研工作，表彰了师范附小等一批科研先进单位，郝长春同志等一批科研先进个人，《小学数学新授课习题设计》、《小学教师队伍素质目标的研究与实践》等一批优秀研究项目。2002年4月，九台市教育科学研究所召开了九台市第四次教育科研工作会议，表彰了九台师范附小等科研先进校，《中小学心理健康教育》等优秀研究项目，杨明治等教育科研先进个人。
九台市教育科学研究所自成立以来，在《农村中学办模式研究》方面取得突出成绩，九台市二十二中的《农村中学办模式研究》成果在国、省、市各级交流并获奖，课题承担人张再昌同志被评为全国“十杰”教师，介绍九台市二十二中农村中学办模式改革研究的《农村中学办学的方向》一书由东北师范大学出版社出版。在中小学德育研究方面也取得可喜成果，现任所长参与了吉林省小学思想品德教材改革的研究和编写工作，教材通过国家教育部教材审定委员会的审定，在吉林省全面使用。在课程改革实验研究中也取得一定成果，课程改革经验在吉林省内交流得到好评。
九台市教育科学研究所自成立以来，连续获得省教育科研工作成绩显著单位的称号，长春市教育科研先进市称号。
