为室町幕府的基本架构，但是由于幕府根据地的东移，原镰仓根据地另设代理幕府，由将军亲族出任。室町幕府于四代将军义持逝世後，因无继承人爆发内哄，继而引发各地守护的拥兵自重，于应仁元年（西元1467）起爆发大规模战争，主要战场在京都一带，时间长达十年，导致室町幕府名存实亡，将军只能管理京都一带。
名词释义：
中央——
管领：辅佐将军之职位，前身乃是处理将军私人事务的执事。管领一职由细川、斯波及畠山三家出任，合称三管领。
政所：幕府两大最高权力机构之一，主管行政、财政、人事等。
侍所：幕府两大最高权力机构之一，管京都治安警备与刑事裁判权，侍所长官称之为所司，由赤松、京极、山名及一色四家出任，合称四职。
问注所 ：主管文书记录与管理之机构。
地方——
镰仓府：主事者尊称为镰仓公方，职称为关东管领，由将军亲族出任，是为幕府驻镰仓代表，辖下十国，除守护任免权外，拥有极大自主权。
探题：代理将军管理某地一切事务的官员。
守护：镰仓时期原本职权在于军事警备，室町时代权力逐渐扩大，取得土地的支配裁判权，守护遂成为地方最高长官。
地头：原本职责是征收租税，管理土地与监督佃庄，室町时代权力变大，有力的地头有机会被擢升为守护。
足利（室町）幕府的机构，基本上仿效镰仓幕府旧制。守护为幕府委派到各地方的官员、军警头目，负责镇压谋反、指挥御家人轮番守护京都宫室，管辖该地寺庙和交通等行政事务。地头是幕府安插在庄园内的政治代表，掌管庄园的土地管理、租税征收和警察治安权。
