在台湾众多妈祖宫庙中，被当局列为文化古迹加以保护的并不多，而位于高雄港边的旗后天后宫便是其中之一。
据史载，旗后天后宫始建于清康熙十二年（1673），距今已有330年历史。当年，福建渔民徐阿华在海上捕鱼突遇台风，人船俱危，幸好祈得妈祖显灵护佑，才安度险境，风暴后渔船漂流至高雄旗后搁浅。徐阿华等发现此地依山傍海，很适合作讨海的渔民栖息之地，便驾船回乡说动洪应、蔡月、李奇、白圭、潘涉、王光好等六姓同乡，一起来开拓新天地。
徐阿华等人迁居旗后的第一件事，就是为专程从莆田湄洲祖庙奉迎的妈祖神像建庙供祀，称为“妈祖宫”，以谢其救难扶危恩德。尽管建筑简陋，但香火兴旺很是灵验。清乾隆三十年（1765），当地一庄姓士绅发动乡民集资，将茅竹架构的妈祖宫改建为石壁小庙。清光绪十三年（1887），当地洋商张怡记出资扩建，并将其改名为“天后宫”。1926年，信徒蔡吉六捐资，专门从大陆购运石材、红砖等，再次重建天后宫。1941年，太平洋战争爆发，位于旗后山腰的临水夫人庙、吕仙祠被日军拆毁，两庙神像寄祀于该宫。1948年，信徒蔡文宾等人筹资重修，旗后天后宫遂成今日规模。
旗后天后宫是南台湾最负盛名的妈祖宫庙之一，其建筑沿袭闽南庙宇形式，由两殿五门二护室组成，风格古朴，气度不凡。其前殿建有五门，依古制为尊贵，并由一座拜亭与正殿相连。正殿为核心建筑，是奉祀妈祖神像供信徒祭拜之处，其殿顶面正中央为三通五令大屋架，根根栋梁，环环相扣，层层重叠，独具特色。而东、西护室则奉祀其他神明，各建有廊亭与正殿相通。
同时，还保存着清康熙三十年（1691）徐阿华等七姓同乡订立的《垦耕契文》，清道光年间（1821—1850）的“王爷船”，清光绪十二年———十八年（1886—1892）间铸造的古铜钟，当地官员和民众敬置的“鉴观不爽”、“普济苍生”、“修善堂”等匾额，以及“旗峰映彩浮光照，鼓屿来潮汐信通”的木刻对联。此外，前殿正门外三级花岗石台阶，亦是当年徐阿华等渔民迁居渡海来台的压舱石制成。历经300多年风雨沧桑，旗后天后宫依然矗立于高雄港边，年年香火兴旺，既是台湾民众祭妈祖的重要场所，又是海内外游客常光顾的旅游胜地。
它的平面格局属于两殿两护室之形式，前殿与正殿之间又一座拜亭相连。中门的石狮造型优美，石质亦坚良，尤以廊墙下的花冈石花鸟堵最具古拙味。另外木门扇上的，历史人物及麒麟木雕，姿态生动，栩栩如生，皆为不可多得之民间艺术杰作。庙侧天井有一口光绪十二年（1886）的铸钟。光绪十八年（1892）的木楹联一对：「旗峰焕彩浮光照，鼓屿来潮汐信通」。右护室内供有一艘王爷船，处处显露出这座滨海庙宇的特质。
