凤山龙山寺创建年代，缺乏正式考证依据，有说在康熙末年，或乾隆初年。当初或许创建时，只是一座草堂小寺，香火未盛，参拜信徒较少，仅是四周善信顶礼祈福的聚落信仰中心，因而未有完整的建寺记载。
在现存龙山寺的匾额中，正殿上方一块「南云东照」木匾，落款为「乾隆岁次庚辰」，赠匾人不详，时为乾隆二十五年（公元一七六０年），推测正逢龙山寺扩建落成。因此，寺方依据各方考证，亦自认为龙山寺创建于康熙年间，已有近三百年历史。
龙山寺经台湾内政部列为国家二级古迹，乃在于该寺保留丰富而完整的传统寺庙建筑资产，从屋顶剪粘、泥塑、山墙面设计、台基、柱础、石材雕刻、木构栋架、雕窗、门墙彩绘等全体造型或局部构工，相当可观，成为游客造访凤山时，不可错过的参观景点。
