明官署名。简称都司。是中国明设立于地方的军事指挥机关。掌一方军政，统率其所辖卫所，属五军都督府而听从兵部调令。与布政使司、按察使司合称三司，分掌地方军政、民政、刑狱。
明初，废元枢密、平章、元帅、总管、万户诸武官号，统兵五千人者授指挥，以下千户、百户、总旗、小旗不等。度山川形势，分设卫所。大致五千六百人为卫、千人为千户所、百人为百户所，官兵均世籍。
洪武三年，升杭州等八卫为都卫。五年，设亲王护卫指挥使司，统诸王府护卫。八年，改在京留守都卫为留守卫指挥使司，诸外都卫为都指挥使司，初设十三都指挥使司。洪武二十六年定天下都司卫所，共计都司十七，留守司一，内外卫三百二十九，守御千户所六十五。其后沿革，设废不一。
都指挥使司初隶属于大都督府，洪武十三年， 丞相胡惟庸谋反，废中书省，因析大都督府为五，分统诸军司卫所。
皇陵所在各置卫，不隶于都指挥使司。
皇帝亲军上二十二卫，称亲军指挥使司(锦衣卫即其中之一），不隶五都督府。
明初，都指挥使与布政使、按察使并称三司，同为封疆大吏。正德年间，皇帝好大喜功，多聚宵小之徒，俱充以军职，遂为世所轻。清张廷玉撰《明史》，称“内之部科，外之监军、督抚，迭相弹压，五军府如赘疣，弁帅如走卒。总兵官领敕于兵部，皆跽，间为长揖，即谓非礼。至于末季，卫所军士，虽一诸生可役使之。积轻积弱，重以隐占、虚冒诸弊，至举天下之兵，不足以任战守，而明遂亡矣。”
