背景由于当时中葡关系因为文化大革命关系变得僵化并对峙起来，加上葡萄牙对澳门本土的统治皆一向以较高压手段和对葡人有较大差别待遇、贪污风气盛行之下，普遍市民早已对澳葡政府统治积怨颇深（如当时护督施维纳被坊间称为“肆围纳”，意即四处搜刮民脂民膏），从文革开始左派势力抬头之下，澳门的国共阵形亦分庭抗礼，当时「十‧一」与「双十」庆典均筑起牌楼、（在1960年代初起每年已有在澳门市面竖立牌楼之习惯，如共产党支持者在1967年则在议事亭前地筑起三层楼高的跨街道牌楼，与市政厅迎头相对；日间烧万头鞭炮庆祝，晚上亮灯并有守卫保护，足见气势之巨）；事件令葡萄牙在澳门的管治威信丧失，也导致北京政府的势力实际控制澳门，也因此令国民政府在澳门的势力被完全肃清。澳门的经验助长左派势力和气焰，间接促成香港的六七暴动。
事件起因氹仔坊众因办学需扩充校舍，在1966年4月间租到氹仔施督宪正街4、6、8号屋宇（原建筑已拆，现址已成为一所粉红色外墙的葡国餐厅）拟进行修建，且在6月份已入禀海岛市行政局申请工程准照，但久未获批覆。校方代表虽前后24次往见局长交涉，但不得要领，于是依惯例在等候动工许可的同时，先行搭棚施工。
事件经过11月15日，海岛市行政局代局长晏德地（Rui de Andrade）上班时，发现坊众学校门前搭起棚架，于是派出一名警察前往查询，并加以阻止，惟工人不听劝阻，于是晏德地又派出一批警员前往劝止，双方发生冲突由此而生，造成24人受伤，并拘捕在场采访的1名《澳门日报》记者。同日下午1时，澳门中华总商会派员与海岛市行政局联络，建校代表亦派员前往该局交涉，但其中4人尙未见到局长，即被拘捕解押来澳拘留一晚，后来在商会副会长崔德祺的协助下保释。事情发生后，当时被誉为澳门华人社群领袖何贤曾拜会护理总督施维纳（Mota Cerveira），请求他谨慎处理此一事件。然而施维纳态度甚为强硬，对何贤的劝导置之不理。[1]
11月18日，氹仔居民提出5项要求，包括惩凶、不要阻挠办学、伤者获得赔偿、撤销入狱20天之判案，并保证以后不再有同样事情发生。
11月22日，澳门亲北京社团代表举行座谈会，谴责事件，并威胁“要进行斗争”。
另一方面，新任总督嘉乐庇（Nobre de Carvalho）11月25日抵澳履新，并于29日下午接见工商界代表，表示动用警察处理建校一事失当，也承诺成立一个由官方和民间中立人士组成的调查委员会，彻查有关事件。然而，澳门中华总商会并未应总督之邀请派出民间代表参与调查委员会，致使该调查委员会无法运作，而亲北京社团代表的抗议行动继续升级，澳门总督府每天都有抗议的人群。
至12月3日中午12时许，总督府门前终于发生冲突。警察先使用警棍，后出动防暴水车，试图驱散示威人士。消息传出后，前来示威的群众愈来愈多，3时后，冲突加剧，警车被推翻捣毁，法院门前的欧维士石像之手被敲烂。接著，位于议事亭前地的美士基打(Nicolau Vicente Mesquita)铜像被摧毁，澳门市政厅和位于仁慈堂大楼地下的公证署也遭冲击。4时半左右，群众沿龙嵩街前往警厅，遭防暴警察施放催泪弹，并开枪射击，造成两人死亡。警方又出动防暴车驶往市政厅前，扫射水喉，驱赶示威人士。总督随后颁令戒严并实行宵禁。由于戒严紧急，许多居民并无心理准备，其后几天又有数人在街上遭乱枪射杀，一名居民甚至因伸首窗外观望被流弹击中。据官方统计，共有8人被打死，212人受伤，坊间则称有11人被打死。
12月10日，广东省人民委员会外事处奉命对澳门葡萄牙当局提出强烈抗议和4项要求，包括立即无条件接受澳门居民提出的要求，向中国赔礼、道歉，严惩主要肇事者，保证今后不允许中国国民党势力在澳门进行任何活动。同一天，在澳门的亲北京社团也向嘉乐庇总督致抗议书，提出类似要求，并“立即向澳门同胞当面认罪和具签认罪书，同时将认罪书在报章和电台公布，并保证今后不得再有任何迫害澳门中国同胞的事件发生。”
事件发生期间，里斯本和澳门政府实施新闻封锁，在澳门的葡文报刊被禁，葡萄牙本土和海外省的报章也被禁止报道此一消息。此外，中国在澳门周围也明显加强军事布防。在澳门的葡人也大多躲入加思栏兵营，也有人排队等候签证赴港。澳门元开始贬値，银行出现挤提，市面一片萧条。
尽管里斯本当局不接受澳门总督公开道歉一项，澳门政府秘书处仍于12月12日晚上11点半发出通告，表示“全部接受”广东省人民委员会外事处以及澳门亲北京社团所提出的要求，并邀请澳门的亲北京社团代表12月15日到澳督府会面，予以正式答覆。然而，澳门的亲北京社团代表认为澳葡当局没有具体列出对有关要求的答覆，并未允约前往。
12月16日，嘉乐庇总督将陆军司令兼市政厅长施维纳、警察厅长傅基利撤职，而海岛市代理行政局长晏德地和警察副厅长颜端尼则于13、14日分别离澳返葡。12月17日，亲北京社团为事件中的死难者举行公祭，澳门政府也决定在出殡行列经过关闸时，闸上葡萄牙国旗下半旗致哀，市政厅亦将市旗下半旗。
12月22日，澳门政府派出一个代表团，前往拱北与广东省外事处代表谈判。圣诞前夕，总督收到“认罪书”的文本。经过一周的谈判，双方基本达成共识。然而，里斯本政府并未接受该“认罪书”的内容。於是双方继续就认罪书文本磋商，但经4次修改仍未达成协议。澳门的亲北京社团在1967年1月20日举行大会，决定成立“硏究制裁澳葡小组”，并且在1月24日制裁方案，包括不向澳门政府缴纳一切税项、不售卖物品给澳门政府及其官员，以及一律不为葡萄牙官兵提供服务。
另一方面，澳门政府于1967年1月2日发出公告，禁止在澳门进行“与中华人民共和国敌对的活动，禁止悬挂被视为敌对中华人民共和国的外国旗帜、徽章、标志等。”中国国民党和国民政府在澳门设置或支持的机构和团体，接著也被查封，中国国民党在澳势力被全面淸除。
鉴于澳门局势严峻，里斯本决定派遣一个由外交部、海外部的代表和前总督白觉理 (Pedro Correia de Barros) 组成的代表团到澳门瞭解情况，并提出参与谈判，但遭广东省当局拒绝。代表团返葡后，葡萄牙内阁改变以往的立场，表示“不反对总督签署认罪书”，但仍然坚持“认罪书”的内容不能对外发表。不过，这个要求仍被中国拒绝。到了1月27日，澳门政府发表声明，对“此次事件的死难者遗属、受伤者、被捕者和遭受各种损失的受害者，以及全体澳门中国居民认罪、赔礼，并表示深切的歉意。”，又“全部接受澳门中国居民代表所提的6项要求”，承担死难者的全部丧葬费和抚恤费以及其他受害者的一切损失，共计澳门币2,058,424元。
1月28日下午，总督嘉乐庇到澳门中华总商会礼堂，签署《澳门政府对华人各界代表所提出的抗议书的答覆》。“一二•三事件”至此方告一段落。
