生理性消化不良
指由于新生儿的消化系统如口腔、食管、胃、肠、肝、胰腺、肠道细菌等都处于发育不成熟阶段，在进食过程中，或者之后发生的一系列不适症状，一般婴儿无清楚主诉，表现为哭闹、烦躁不安等，父母可通过婴儿大便和体征表现等发现。
具体部位详述：
口腔：新生儿口腔黏膜薄嫩，血管丰富，唾液腺发育不够完善，唾液分泌少，口腔黏膜干燥，易受损伤和细菌感染；3-4个月时唾液分泌开始增加，5-6个月时明显增多。3个月以下小儿唾液中淀粉酶低下，不宜喂淀粉类食物。婴儿口底浅，不会及时吞咽所分泌的全部唾液。常发生生理性流涎。
食管：功能主要是：1、推进食物和液体由口入胃，2、防止吞下期间胃内容物反流。新生儿的食管呈漏斗状，黏膜纤弱，腺体缺乏，弹力组织及肌层尚不发达，食管下段喷门括约肌发育不成熟，控制能力差，常发生胃食管反流，绝大多数在8至10个月时症状消失。婴儿吸奶时常吞咽过多空气，易发生溢奶。
胃：新生儿胃容量30-60ml，1-3个月是90-150ml，1岁时250-300ml，故年龄越小，每天喂食的次数就越多。婴儿胃呈水平状态，开始行走是胃呈垂直。胃平滑肌尚未完善，在充满液体事物后易使胃扩张，由于喷门肌张力低，幽门括约肌发育较好，且自主神经调节差，故易引起有门痉挛出现呕吐。
肠：肠黏膜细嫩，富有血管和淋巴管，小肠绒毛发育良好，肌层发育差。肠系膜柔软而长，黏膜下组织松弛。尤其结肠无明显结肠带与脂肪垂，升结肠与后壁固定差，易发生肠扭转和肠套叠。
肝：年龄越小，肝脏相对越大。婴儿肝脏结缔组织发育较差肝细胞再生能力强。不易发生肝硬变，但易受缺氧，感染，药物中毒等影响，引起病变。婴儿时期的胆汁分泌少，故对脂肪的消化吸收能力差。
胰腺：分为内分泌和外分泌两类，前者分泌胰岛素控制糖代谢，后者分泌胰腺液，内含各种消化酶，与胆汁及小肠的分泌物互相作用，共同参与对蛋白质、脂肪、碳水化合物的消化。
婴幼儿时期胰腺液及其消化酶的分泌极易受炎热天气和各种疾病影响而被抑制，容易发生消化不良。
肠道细菌：在母体内，胎儿的肠道是无菌的，生后数小时细菌即从空气，奶头，用具等经口、鼻、肛门入侵肠道，一般情况下，胃内基本无菌，十二指肠和上部小肠也较少，结肠和直肠细菌最多。肠道菌群受事物成分影响，单纯母乳喂养儿以双歧杆菌占绝对优势，人工喂养和混合喂养儿肠内的大肠杆菌、嗜酸杆菌、双歧杆菌及肠球菌所占比例几乎相等。正常肠道细菌对致病菌有一定的拮抗作用。消化功能紊乱时，肠道细菌大量繁殖可进入小肠甚至胃内而致病。
