京师大爆炸是明朝时期北京所发生的一次大爆炸。
此事件与3000多年前印度的死丘事件及发生在俄罗斯西伯利亚埃文基自治区的通古斯大爆炸并称为世界三大自然之谜。
1626年5月30日（明熹宗天启六年五月初六）早晨7~9点钟，明代故都北京忽有声如吼，从城东渐至城西南角，出现一个特大火球。突然一声巨响，天崩地裂，乱石横飞。王恭厂数百吨黑色炸药突然遭到从天而降的火球的撞击，升起大而黑的蘑菇云，像柱子那样直坚于城西南角。刹时间天昏地暗，狂风骤起，卷着人畜、石头、木头、等物直上云霄，向东北方向刮去。一时间，城里木头、石头、人头、人腿、人臂、缺肢少脚的人、无头无面的人、还有驴、马、鸡、犬像雨一样从天上洒落下来，这样的“木石人兽”雨足足下了2个小时，死伤者20000多人。天雨降落在以王恭厂为中心长约6.5公里、宽约1.5~2公里的城区范围内。在西安门一带集中下铁渣雨，石附马大街一尊2500公斤重的石狮子也被抛出顺城门外约2.5公里远的地方。大木头被刮到郊区密云，有的人被吹到距北京180公里路之遥的蓟县，数万间房屋被夷为平地，瓦砾从空而下；有的衣服远飞至昌平，凡伤者衣服，鞋袜皆无，尽是裸体。正在紫禁城内施工的工匠们，从高大的手脚上架上被震下来，2000余人跌成肉饼。
由于大爆炸发生在皇宫附近，位于爆炸区边缘的乾清大殿严重受损。
这就是举世闻名的京师大爆炸，或称王恭厂灾变。对这次大爆炸，许多史料都有记载。
在人类漫长的文明史中，这种陆地城镇的灾变并非十分罕见，但京师大爆炸以其时间上的突然性，巨大的毁坏性而区别于单一的自然灾害，成为耸人听闻的陆地灾变中的一个典型事例。关于它的成因，也一直是一个悬而未解的自然之谜。
对这一次震惊中外的大爆炸，专家们也曾有过许多推测。
首先是“地震”说。主要根据是天启六年五月初六京师的确有地震，河北和天津有关于这次地震的明确记载。滚动的火球很像地震前兆。这一切似乎是地震无疑了。但地震说不能解释“裸体”现象。
京师大爆炸无论是幸存者，还是死伤者，凡是被那股骤起的飓风袭击的都呈裸体状，实在是空前罕见的怪事。一位受伤的目击者看到连锁反应爆炸的火光中，男女皆一丝不挂。无宏寺街有女轿过路，炸声一响，轿顶被狂风掀起，轿内女客全身赤裸，她们蜷蹲在轿内，竟然没有受伤，她们后来自述爆炸时黑雾浓烟中，好像有谁将她们的内衣、内裤、外衫、外裙皆脱去。在爆炸时还有许多的棕帽、衫裤、鞋袜一霎那间飞得无影无踪。
爆炸后人们发现，昌平州教场衣服成堆。1976年，我国唐山发生大地震。地震时亦出现过滚动的大红火球，但并未看见任何死伤人员有裸体现象。况且，地震说也忽略了一个重要的事实：一颗原子弹或氢弹的爆炸都会引起地震。这种“人工地震”和唐山那种自然界陆地板块冲撞引起的地壳地震是全然不同的。
其次是“飓风罹难”说。这可以解释石狮子远抛、卷物上天，树木连根拔起、尸体在180里远落上和各种裸体现象，但无法解释地震、火球、地声等现象。
再次是“地球内部热核能强爆动力”说。地下天然核爆炸能否在地壳浅层中发生还有争议，尚需进一步的探讨。
从王恭厂灾变发生到今天300余年间，各种假说至少有几十种，虽然每一种假说都从不同的角度说明了一些问题。但是，没有任何一种假说对王恭厂灾变做出了合理的，完善的科学解释。
最近十多年来，有人认为王恭厂灾变类似于前苏联爱古斯大爆炸，是陨星坠落所致。1986年，北京地震局、北京天文台等有关专家联合为京师大爆炸这个百年疑案召开研讨会，专家们一致认为京师大爆炸的起因是小行星撞击的结果。这与爆炸前出现的“天外有声如吼”、飓风、陷坑与陨石的冲击很相似。但为什么天文学比较发达的明朝却无陨石的记载呢？这正是令专家学者们困惑不解的地方。不过问题并不大。如果真是陨石坠落，肯定会有陨石或陨石碎片留在王恭厂地层中，将来进行实地挖掘或探测就可以做出准确的回答。