MS-06M是根据UC0075年12月起动的《水中用途MS开发整备计划》而在MS-06的基础上改进的历史上第一台水中战用MS。
地球表面的70%以上的面积是水,这使水陆两用型MS有广大的活动空间。设计者在MS-06F型的基础上进行了改进,其中包括在机体外部加上防水护罩,背部的背包换成了喷水引擎以及加上了辅助推进器。然而在F型上的改进有一定难度,很难完全符合Zion军方的作战要求,由于这种型号的MS效能不佳,以Zaku II为基础的水陆两用MS开发计划终止。MS-06M在北大西洋的潜水艇部队的实验部队使用过,用来获得制造水陆两用型MS所需的资料数据,而MS-06M也很好的完成了这个任务。最后它还有另一编号,就是MSM-01。这型的MS总共生产了7台,在实验完后全部封存,后在地中海登陆作战的时候,由于MS的数量不足,这7台MS全部被派上了战场,但并没有获得很重大的战果,而且有两到三架在战争中消失。
MS-06M分为M-1型和M-2型。一年战争后,联邦军的水陆两用型MS——RMS-192就是在MS-06M-1的基础上改进而来的。MS-06M-2是一个性能较高的作品,对机体做了较大的改进,以“能在400米的水深下活动”为开发目的。M-2的头部有大型的防水的头饰,各关节有防水护罩,经过修改后的MS-06M-2型拥有了超过M-1型的耐压性能,各项性能有一定提升。