亦称“实际关税”。“名义关税”的对称。有效关税是指在市场竞争中，通过对进口商品征税，实现对本国同类产品的实际保护程度。随着发达国家深加工产品生产的迅速发展，国际市场竞争激烈，只对最终产品使用（名义）税率的保护理论已嫌不足，因为它未重视对中间投入品征税对最终产品产生的影响。有效关税理论则对最终产品和中间产品两者所使用的名义税率结构进行研究，重视关税结构对这种产品加工生产过程中净增值产生的影响。通过有效关税税率（有效保护率）的计算，研究对哪些产品生产应给予保护，并如何确定税率，衡量对不同加工层次的产品由于名义保护率而得到的保护和受益的分配比例，可以指导保护关税的结构。对某种产品的有效保护率（Z）用公式表示为：
Z=（国内加工增值一自由贸易条件下加工增值）/自由贸易条件下加工增值*100％
如果用名义税率表示有效保护率，其公式为：
Z=（tn-Σai*ti）/（1-Σai）
式中tn为制成品的名义税率，ti为投入品的名义税率，ai为投入品在制成品中所占的比重，Σai为各种投入品在该产品中所占的比重之和。
从中可以看出：最终产品的税率愈高，或中间投入品的税率愈低，则其有效保护率愈高，如果tn＞ti则Z＞tn，tn＝ti则Z＝tn，tn＜ti则Z＜tn。这就为按加工层次而使用的逐步升高的关税税率结构提供了理论依据，并在国际关税减让谈判中，提供了对初级产品的关税可以多减让一些，而对最终产品的关税不可减让过多的策略依据。通过有效关税，一些有效保护率较高的行业可以把本国原来不景气的经济资源吸引过去，影响本国的资源配置。
