病机，是指疾病发生、发展、变化及其结局的机理。以阴阳五行、气血津液、藏象、经络、病因和发病等基础理论，探讨和阐述疾病发生、发展、变化和结局的机理及其基本规律，即病机学说。病机的理论，在《黄帝内经》中已奠定了基础，病机之名，首见于《素问·至真要大论》的“审查病机，无失气宜”和“谨守病机，各司其属”。病机的理论在《黄帝内经》中已奠定了基础。如《素问·至真要大论》的“诸风掉眩，皆属于肝……”等“病机十九条”，是以“五运六气”的“六气”与五脏相应的理论，将临床常见的诸多症状，分别归属于心、肺、脾、肝、肾之疾患，风、寒、湿、热、火之疾患，病变部位是在“上”或“下”等。但必须指出：《内经》之论述病机，内容非常广泛，并不局限于“病机十九条”，它与邪正和阴阳之盛衰，气血和脏腑之虚实，以及某些病证（如疼痛、痿、痹、厥、痈疽等）的病机，均有详尽的论述。
它的制约因素一是患病机体的体质强弱，二是与致病因素的性质有关。病邪作用于人体，正气奋起抗邪，正邪斗争破坏了人体的阴阳相对平衡，导致阴阳失调，脏腑气机升降失常，气血紊乱，从而产生一系列的病理变化。但从总体来说不外以下几个方面：①邪正斗争。邪正斗争在证候上的反映 ，主要表现虚实的变化 。《素问·通评虚实论》说：“邪气盛则实，精气夺则虚。”实，以邪气亢盛为主要矛盾的一种病理反映。一般多见于疾病的早期或中期。如痰涎涌盛，食积不化，瘀血内阻，水湿泛滥及壮热、狂躁，声高气粗，腹痛拒按，二便不通，脉实有力等，均为实证。虚，以正气虚损为主要矛盾的一种病理反映。如大病久病后的神疲体倦，面容憔悴，心悸气短，自汗盗汗或五心烦热，畏寒肢冷，脉虚无力等，均为虚证。邪正斗争还可以概括疾病转归，正胜邪衰则病退，正虚邪实则病进。②阴阳失调。六淫、七情、饮食劳倦等各种因素作用于人体，也必须通过体内的阴阳失调，才能形成疾病。所以，阴阳失调又是疾病发生 、发展的内在依据 。阴阳失调的病理变化，主要表现为阴阳盛衰、阴阳互损、阴阳格拒、阴阳转化，以及阴阳离决等几个方面。③升降失常。人体气的运动可概括为升降出入 ，是脏腑经络 ，阴阳气血矛盾运动的基本过程。因此升降失常，可导致五脏六腑，表里内外，四肢九窍发生各种病理变化。如肺失宣降的胸闷咳喘，胃失和降的呃逆呕恶等。在升降失常中，尤以脾胃升降失调至为重要，因为脾胃是升降运动的枢纽，影响着整体机能活动，所以治脾胃注意调升降是至关重要的原则。
历代医家对于病机学说均非常重视。汉代张仲景的《伤寒杂病论》在《素问》及《灵枢》的基础上，结合临床实践阐述了热病的虚实、寒热、表里、阴阳的进退变化；在《内经》脏腑、经络虚实的基础上，对不少病证的病机进行了阐述。隋代巢元方的《诸病源候论》对1729种病候的病因、病机、及其临床证候作了阐述，成为我国历史上最早的病因病机学专著。金元时期的刘河间在《素问·玄机原病式》中提出“六气皆从火化”和“五志过极，皆为热甚”的观点；李东垣在《内外伤辨惑论》中，论述了“内伤脾胃，百病由生”和“火与元气不两立”的病机；张从正在《儒门事亲》中论述了“邪气”致病的病机；朱丹溪在《格致余论》中阐释了“阳有余而阴不足”和“湿热相火”等病机。
病机学说的具体内容可以概括为以下几个方面：
1.从整体上探讨疾病的发生、发展、变化和结局的基本规律。如邪正盛衰、阴阳失调、气血失常、津液代谢失常等。
2.从脏腑、经络等某一系统研究疾病的发生、发展、变化和结局的基本规律。如脏腑病机、经络病机等。
3.探讨某一类疾病的发生、发展、变化和结局的基本规律，如六经传变病机、卫气营血传变病机和三焦传变病机等。
4.研究某一种病证的发生、发展、变化和结局的基本规律，如感冒的病机、哮喘的病机、痰饮的病机、疟疾的病机等等。
5.研究某一种症状的发生、发展的病机。如疼痛的机理、恶寒发热的机理、失眠的机理等等。
6.研究由于气血津液、脏腑等生理功能失调所引起的综合性病机变化，如内生“五邪”。
