清末政府管理全国海军的机构。通称海军衙门﹐或称海署。
中法战争后﹐1885年(光绪十一年)10月设立。醇亲王奕为总理大臣﹐庆郡王奕劻﹑北洋大臣李鸿章为会办﹐正红旗汉军都统善庆﹑兵部右侍郎曾纪泽为帮办。设立海军衙门旨在统一全国海军的行政管理﹐按1874年(同治十三年)清政府海防决策﹐先练北洋海军﹐由李鸿章负责。因此海军衙门的实际权力掌握在李鸿章手中。并且由于大部分经费拨给北洋﹐也使北洋海军的地位远居南洋海军之上。但海军衙门总经费拮据﹐不仅各省应解海军专款多数不能如期缴纳﹐而且尚需从有限的经费中经常拨支奉献内务府﹐作为修缮颐和园等皇家宫苑的费用。
1888年北洋舰队建成﹐制订《北洋海军章程》﹐规定每三年特派大臣会同北洋大臣出海校阅一次。以后﹐1891年和1894年均按例举行。1889年光绪帝亲政后﹐奕仍总理海军事务﹐但衙门章奏不会衔。1891年1月奕病死﹐奕劻继为总理。帮办善庆﹑曾纪泽也在此前故去﹐遗缺一度由台湾巡抚刘铭传补任﹐后又由正白旗汉军都统定安﹑两江总督兼南洋大臣刘坤一继任。
中日甲午战争中﹐北洋海军于1895年2月在山东威海卫覆灭﹐次月海军衙门即裁撤。
