瞿昙寺花儿会同时也是当地的庙会，从农历六月十四到十六日，共三天。乐都县瞿昙寺花儿会在青海各地花儿会中规模较大、影响深远。据考证，瞿昙寺花儿会从清道光年间瞿昙寺开庙会起,至清末民初逐渐发展成一定规模的花儿会。瞿昙寺花儿会是当地群众交流花儿的最大舞台，许多民间花儿歌手从这里走向全省乃至西北地区。
传说中，瞿昙寺在清朝初年香火鼎盛，那时该寺是禁唱“花儿”的。有一年，一股土匪包围了瞿昙寺，连续围困数天，想让寺内僧俗水断粮绝后不攻自破，情况越来越危急。这时，有一位老汉率领大家唱起了“花儿”，歌声像风一样传向四面八方，在黑夜中越传越远。香客、脚户还有方圆几十里的人都被惊动了，都用“花儿”应和，纷纷奔向瞿昙寺，歌声从四方涌来，响成一片，土匪贼兵越听越慌张，在遍野传来的“花儿”声中，逃得飞快。第二天是六月十五庙会，寺院住持说：没想到这山歌退了贼兵，唱吧!从这以后，瞿昙寺每年都有“花儿会”。
瞿昙寺花儿会参与群众以汉族为主，其他民族也踊跃参加。在演唱曲令上，除当地的《碾伯令》外，还有《白牡丹令》、《尕马儿令》、《水红花令》、《三闪令》等。此外藏族人民喜爱的“拉伊”在这里也有广泛的演唱。其演唱形式有独唱、对唱、联唱等，其中最能体现瞿昙寺花儿会民间特色的就是两个阵营的对歌。
瞿昙寺花儿会还具有深厚的民族民间文化底蕴，对花儿会的生成的研究具有重要的价值。乐都县是河湟地区有名的“文化县”，瞿昙寺花儿会因而成为研究大型民俗活动与地方文化发展关系最好的典型个案。
作为有影响的花儿会，瞿昙寺花儿会在当地发挥着促进民间物资交流、加强不同民族文化交流、丰富民众生活等多方面的实用功能。
国家非常重视非物质文化遗产的保护，2006年5月20日，瞿昙寺花儿会经国务院批准列入第一批国家级非物质文化遗产名录。
