新莽末年兴起于今山东东部的一支农民起义军名称。为便于区别，用赤色染眉，故名。见绿林赤眉起义。赤眉军是中国新莽末年起事的军队之一，因将眉毛染红，示别于政府军，故称作赤眉军。
赤眉军于天凤5年（公元18年）在莒（今山东莒县）起事，首领为琅琊人樊崇，以泰山山区一带为根据地，与政府军对抗。几年之间发展到数万人，其中主要主要由农民组成，大多不识字，因此以口头传令为主。组织包括地位最高的三老、其次有从事、卒史等名称，大多延用汉朝乡官的名称。
随著赤眉军的发展，在地皇3年（22年）王莽派出王匡、廉丹率约十万军队进攻赤眉军，惨遭挫败，赤眉军发展到十万人以上，势力扩及青州、徐州、兖州、豫州各地。23年，更始皇帝刘玄已即位并攻入长安，赤眉军先是愿意降于更始，但双方随即再度开战，25年赤眉
军兵分两路，由樊崇和徐宣分别率领，进攻关中，并拥立汉宗室刘盆子为帝，徐宣任丞相，樊崇因为识字，任御史大夫。同时更始军内部产生内争，将领王匡投奔赤眉军，随即赤眉军攻入长安，杀死刘玄。
赤眉军入长安时，当地残破不堪，赤眉军只能四处找寻粮食，遇大雪损失惨重，随后被刘秀派将领邓禹击败，赤眉军遂决定离开关中，27年在崤（今河南洛宁）和宜阳再被刘秀军打败，樊崇投降，最后被杀害。
