孔氏南宗，是北宋靖康之难后，衍圣公孔端友于建炎二年（1128年）随宋高宗南迁，后家于浙江衢州。其子孙孔玠、孔搢、孔文远、孔万春、孔洙依次承袭，史称南宗。
元灭南宋，元世祖于至元十九年（1282年），议立孔子后，以寓衢者为大宗，欲召孔洙回曲阜袭封奉祀。洙称先代庐墓在衢州，不忍离去，让爵于曲阜宗弟孔治。南宗遂失其爵位，地位日衰，一度猥如庶氓。
弘治十八年（1505年），衢州知府沈杰拟〈为条陈孔氏家规以彰圣教〉，上奏明孝宗，“乞将衢州孔端友子孙一人，添授以世袭翰林院五经博士一员，以主家庙祭祀”。明武宗正德元年（1506年），遂册封五十九代孙孔彦绳为五经博士，子孙世袭。
民国二年（1913年），北洋政府颁布《崇圣典例》，保留衍圣公爵位，改衢州世袭五经博士为世职南宗奉祀官。国民政府北伐后因之。
南宗嫡派世系如下：
第48代衍圣公 孔端友 第49代衍圣公 孔玠 第50代衍圣公 孔搢 第51代衍圣公 孔文远 第52代衍圣公 孔万春 第53代衍圣公 孔洙 第54代 孔思许 第55代 孔克忠 第56代 孔希路 第57代 孔议 第58代 孔公诚 第59代 孔彦绳 第60代 孔承美 第61代 孔弘章 第62代 孔闻音 第63代孔贞运第64代 孔尚干 第65代 孔衍桢 第66代 孔兴燫 第67代 孔毓垣 第68代 孔传锦 第69代 孔继涛 第70代 孔广杓 第71代 孔昭烜 第72代 孔宪坤 第73代 孔庆仪 第74代 孔繁豪 第75代孔祥楷